2022/10/21 0:00:00 5true 2022/10/21 0:00:00 4true 目的 研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）膜蛋白对宿主细胞mRNA前体（pre-mRNA）3"非翻译区（UTR）加工的影响。方法 本研究以人肺上皮细胞系A549为模型，利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白；利用RNA-Seq测序技术及生物信息学分析方法，系统性描绘宿主细胞选择性多聚腺苷酸化（alternative polyadenylation，APA）事件；Metascape数据库对发生显著APA变化的基因进行功能富集分析；RT-qPCR验证靶基因3"UTR长度变化；蛋白质免疫印迹（Western blot）检测目的蛋白表达水平。结果 SARS-CoV-2膜蛋白外源表达后宿主细胞内共813个基因发生显著APA变化。GO和KEGG分析显示，差异APA基因广泛参与有丝分裂细胞周期、调节细胞应激等生物过程，涉及病毒感染和蛋白质加工等。从中进一步筛选出AKT1基因，在IGV软件中显示3"UTR延长；RT-qPCR验证AKT1基因的3"UTR长度变化趋势；Western blot结果显示AKT1蛋白磷酸化水平增加。结论 SARS-CoV-2膜蛋白潜在影响宿主pre-mRNA的3"UTR加工，其中参与多种病毒性生物过程的AKT1基因 3"UTR延长，且其编码的蛋白质功能在细胞内被激活。]]> 2022/10/21 0:00:00 3true 目的 新型冠状病毒（SARS-CoV-2）变体往往具有更强的感染力与免疫逃逸能力，目前出现的SARS-CoV-2变体种类繁多，疫情评估与防控形势严峻。本文希望通过建立模拟病毒传染的理论模型，对SARS-CoV-2及其变体引起的疫情进行追踪与预测，并对它们的综合传染性进行评估。方法 根据方格传染病模型，对传染持续时间和群体免疫作用的相互关系进行推导，并在此基础上建立了新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情感染传播的普遍理论模型，提出感染力参数A和免疫作用参数B，将传染时间与感染人数的复杂关系公式化，用于预测感染日变曲线。还引入了突变株综合传染性参数，用以定量比较各突变株的综合传染能力，并对感染参数A和B不与地域因素相关的猜想进行了验证。结果 通过COVID-19疫情传播的理论模型，对病毒步行次数与传染时间做出了较为精准的预测。通过对突变株感染能力与电性变化的分析，指出了突变株传染性和突变残基电性变化的内在联系。分析了突变株的参数变化，定量比较了各突变株的综合传染能力，得出了综合传染性排行。还验证了参数A和B只与病毒自身性质、病毒与人体共存的性质相关，而与地域无关的猜想，并对各爆发地域的防疫水平进行了评估与比较。结论 本文建立了COVID-19疫情传播的理论模型，在预测疫情持续时间、每日新增感染人数与评估病毒感染力、免疫逃逸能力、综合传染性、地域防疫水平方面具有一定作用，还根据病毒变异可能导致的参数变化给出了防疫注意事项与相关对策的建议。]]> 2022/10/21 0:00:00 2true 目的 从中药筛选具有潜在抑制严重急性呼吸综合征冠状病毒2 （SARS-CoV-2） 活性的成分，进一步从原子水平揭 示其抑制SARS-CoV-2 表面刺突蛋白（S 蛋白） 受体结合域（RBD） 与血管紧张素转化酶2 （ACE2） 结合的内在机制。 方法 检索新型冠状病毒（简称“新冠肺炎”） 治疗中药处方，构建“新冠肺炎中药候选活性成分数据库”。用具有ACE2 抑制活性的小分子化合物构建HipHop药效团模型，并对“新冠肺炎中药候选活性成分数据库”中活性成分筛选。采用分子 对接和分子动力学模拟方法研究候选活性成分与ACE2 的结合方式及其对SARS-CoV-2 S 蛋白与ACE2 识别的影响。 结果 本文通过中药处方挖掘和分子动力学模拟，从143 个新冠肺炎治疗中药处方中筛选出10 种可与SARS-CoV-2 S 蛋白/ 人源ACE2 识别位点结合的中药成分。其中，枇杷叶主要活性成分23-trans-p-coumaryhormentic acid 与ACE2 具有最高的亲和 力，且23-trans-p-coumaryhormentic acid 的结合可有效阻断SARS-CoV-2 S蛋白与宿主细胞ACE2 的结合。结论 本文通过虚 拟筛选发现了SARS-CoV-2 潜在抑制剂分子23-trans-p-coumaryhormentic acid，同时从原子水平预测了其抑制SARS-CoV-2 S 蛋白与ACE2 结合的内在机制，这将为SARS-CoV-2 特异性抗病毒药物的研发提供理论依据。]]> 2022/10/21 0:00:00 1true