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新一代高通量RNA测序数据的处理与分析
A Review on The Processing and Analysis of Next-generation RNA-seq Data
投稿时间:2010-03-25  修订日期:2010-04-15
中文关键词:  高通量RNA测序,转录组,基因表达,数据处理与分析,生物信息学
英文关键词:high-throughput RNA sequencing, transcriptome, gene expression, data processing and analysis, bioinformatics
基金项目:国家自然科学基金资助项目(60702002, 60721003, 30873464, 60905013)和东南大学生物电子学国家重点实验室开放研究基金资助项目
作者单位E-mail
王曦 生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京 100084 wang-xi05@mails.tsinghua.edu.cn 
汪小我 生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京 100084 xwwang@tsinghua.edu.cn 
王立坤 生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京 100084吉林大学计算机科学与技术学院长春 130012 wanglikun@tsinghua.edu.cn 
冯智星 生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京 100084 fzx08@mails.tsinghua.edu.cn 
张学工 生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京 100084 zhangxg@tsinghua.edu.cn 
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中文摘要:
      随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望.
英文摘要:
      With the rapid development of the next-generation sequencing (NGS) technology, high-throughput RNA sequencing or RNA-seq is becoming a key experimental approach in the study of gene expression and transcriptome. The overwhelming amount of RNA-seq data brings new opportunities and challenges for bioinformatics. The efficient and effective processing and analysis of RNA-seq data is becoming the bottleneck for turning the possibilities provided by the new technology into real scientific discovery. A general description of the typical RNA-seq protocol was given. A complete review of major methods and available software in the processing and analysis of RNA-seq data were presented, using the Illumina/Solexa platform as an example. Questions that are still open and awaiting further research are also discussed.
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