倪健,胡苗苗,危莹,陈蕊,郭妍.单细胞转录组技术及其在人类细胞图谱构建中的应用[J].生物化学与生物物理进展(待发表)
单细胞转录组技术及其在人类细胞图谱构建中的应用
Recent progress of single-cell RNA-Seq and its application in human cell atlas construction
投稿时间:2019-02-25  修订日期:2019-06-17
中文关键词:  单细胞,转录组,异质性,图谱
英文关键词:single cell, RNA-seq, heterogeneity, atlas
基金项目:国家重点研发计划项目(编号:2018YFC003500),国家自然科学重⼤研究计划项⽬(编号:91529302),国家自然科学基金青年项目(编号:31700762)
作者单位E-mail
倪健 上海交通大学生物医学工程学院 nijian1230@foxmail.com 
胡苗苗 上海交通大学生物医学工程学院  
危莹 上海交通大学生物医学工程学院  
陈蕊 上海交通大学医学院附属仁济医院 整形外科  
郭妍 上海交通大学生物医学工程学院 yanguo@sjtu.edu.cn 
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中文摘要:
      单细胞转录组技术在单细胞水平上进行转录组测序,提供了单个细胞的基因表达差异信息,使在单细胞尺度下研究个体细胞、相关环境细胞及其相互作用的机理成为可能。近年来,单细胞转录组技术在cDNA扩增原理上经历了从末端加尾、体外逆转录到模板置换的方法发展,大大提高了基因检测的数量,基因表达的准确性等。同时,在单细胞选取方式上进行了从96/384孔板到油包水液滴以及纳米微孔的创新,在提高通量和重复性的同时降低了整体实验成本。单细胞转录组技术广泛应用于细胞群体分类和异质性研究,推动了从发育生物学到正常、病态组织细胞图谱的构建。本文对单细胞转录组技术近年的技术进展以及在人类细胞图谱构建中的应用进行了综述
英文摘要:
      Single-cell RNA-seq provides information on the differences in gene expression, making it possible to study the cells and the mechanism of their interactions at the single-cell level. In recent years, single-cell transcriptome technology has experienced the development at the principle of cDNA amplification from homopolymer tailing-based, in vitro reverse transcription to template-switch, and greatly improved the sensitivity. At the same time, cell isolation is promoted from 96/384 well plate, droplets to nano-pores, which greatly reduced the experimental cost while increasing the throughput. The single cell RNA-seq, with its advantages in cell heterogeneity and cell classification, has promoted the construction of cell atlas from developmental biology to normal tissue and pathological cell biology. This paper reviews the recent progress of single-cell RNA-seq and its application in human cell atlas
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