王学栋,尚文慧,李晓琴,常宇.肺鳞状细胞癌特异性甲基化候选诊断标志物的识别[J].生物化学与生物物理进展(待发表)
肺鳞状细胞癌特异性甲基化候选诊断标志物的识别
Identification of lung squamous cell carcinoma-specific methylation candidate diagnostic biomarkers
投稿时间:2019-03-20  修订日期:2019-05-10
中文关键词:  DNA甲基化,特异性标志物,肺鳞状细胞癌,早期诊断
英文关键词:DNA methylation, specific biomarkers, lung squamous cell carcinoma, early diagnosis
基金项目:重点研发计划( 2017YFC0111104)、国家自然科学基金(Grant No. 11572014)、智能化生理测量与临床转化北京市国际科技合作基地
作者单位E-mail
王学栋 北京工业大学生命科学与生物工程学院 704848742@qq.com 
尚文慧 北京工业大学生命科学与生物工程学院  
李晓琴 北京工业大学生命科学与生物工程学院 lxq0811@bjut.edu.cn 
常宇 北京工业大学生命科学与生物工程学院 changyu@bjut.edu.cn 
摘要点击次数: 12
全文下载次数: 9
中文摘要:
      甲基化异常是肿瘤早期的频发事件,此外,DNA甲基化随着时间的推移相对稳定并且可以在血液中非侵入性地检测到,因此DNA甲基化具有成为癌症早期诊断生物标志物的巨大潜力。为了找到肺鳞状细胞癌(LUSC)潜在的诊断标志物,本文提出了一种LUSC特异性候选诊断标志物的识别方法,使用癌症基因组图谱数据库(TCGA)的LUSC的甲基化数据集,通过比较LUSC与正常肺组织和其他癌症类型,并由此得到了6个LUSC特异性甲基化位点,使用支持向量机建立诊断模型,采用六折交叉划分数据集,验证特异性标志物的有效性。六个标志物的组合在预测LUSC方面达到约93%-99%的灵敏度,在排除正常组织时达到100%的特异性,在排除其他癌症时达到约99%的特异性。我们的研究为LUSC的早期诊断提供了潜在的生物标志物。
英文摘要:
      DNA methylation abnormalities are frequent events in early tumors. Additionally, DNA methylation is relatively stable over time and can be non-invasively detected in blood. Therefore, DNA methylation has a great potential to become an early diagnostic biomarker of cancers. In order to find potential diagnostic markers for lung squamous cell carcinoma (LUSC), a method for identifying LUSC-specific candidate diagnostic markers was proposed. We screened 6 LUSC-specific CpGs by comparing the methylation profiles of 172 samples from LUSC patients, 42 normal lung samples, 184 normal blood samples, and 1306 samples from patients with other cancers which was collected from t TCGA (The Cancer GenomeAtlas) database. A supportvector machine model was constructed to distinguish LUSC patients from normal controls. The combination of six sites achieved 93%-99% sensitivity in predicting LUSC, 100% specificity in excluding all normal samples, and ~?99% specificity in excluding other cancers. Overall, our study provides promising biomarkers for the diagnosis of LUSC.
HTML  查看全文  查看/发表评论  下载PDF阅读器
相关附件:   附件1  附件2  附件3  附件4  附件5  附件6  附件7  Fig1  Fig2  Fig3  Fig4  Fig5  Fig6  Fig7  
京期出证字第0624号 版权所有:  您是本站第    位访问者
主管单位:中国科学院 主办单位:中国科学院生物物理研究所和中国生物物理学会 地址:北京市朝阳区大屯路15号
电话:010-64888459 电子邮件:prog@sun5.ibp.ac.cn
技术支持:北京勤云科技发展有限公司
京ICP备05023138号-1

京公网安备 11010502031771号