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  • 谭蔚泓, 邵宁生
    2023, 50(9): 2023,50(9):2035-2036
    DOI: 10.16476/j.pibb.2023.0361
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    谭蔚泓, 邵宁生.编者按: 功能核酸的机遇与挑战[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2035-2036.Export: BibTex EndNote
  • 张鑫娜, 黄智勇, 彭瑞资
    2023, 50(9): 2023,50(9):2037-2050
    DOI: 10.16476/j.pibb.2023.0333
    分子医学着眼于从疾病的分子层面出发,为个性化精准诊疗提供解决方案。然而,在众多疾病的诊疗中由于缺乏有力的分子识别工具,目前从分子水平上理解和研究疾病仍受到制约。核酸适配体是通过指数富集的配体系统进化(SELEX)技术在体外筛选得到的单链寡核苷酸,具有高选择性、高亲和力、易细胞内化、良好的组织渗透和快速的组织积累能力。近年来,由于其易合成、成本低、稳定性高且免疫原性低,核酸适配体作为分子工具应用于疾病的诊疗一体化受到广泛关注。本综述围绕分子医学中的核酸适配体,讨论了核酸适配体在疾病诊断中的应用,包括基于核酸适配体的肿瘤标志物发现、液体活检、分子成像。介绍了核酸适配体在癌症治疗中的应用包括基于核酸适配体的抑制剂、核酸适配体药物偶联物、纳米药物和核酸适配体介导的免疫治疗。最后对核酸适配体在临床诊疗和产业化面临的问题进行了讨论,包括基于应用场景的筛选方法、核酸适配体与靶标复合物结构、亲和力的机制以及核酸适配体在血液循环中的稳定性等方面。
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    张鑫娜, 黄智勇, 彭瑞资.综述与专论: 核酸适配体在分子医学中的应用[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2037-2050.Export: BibTex EndNote
  • 贾海静, 高亚菁, 娄新徽
    2023, 50(9): 2023,50(9):2051-2076
    DOI: 10.16476/j.pibb.2023.0241
    核酸适配体是一类具有特异性分子识别能力的单链DNA或者RNA分子,通过指数富集的配体系统进化技术(SELEX)筛选得到。核酸适配体相比抗体具有热稳定性高、便于化学合成与修饰、免疫原性低等优点,在生物分析、生物医学、生物技术等众多领域引起广泛关注。高质量的核酸适配体是应用的基础,然而目前能够满足实际应用的核酸适配体数量还非常有限。如何获得高亲和力、高特异性、高体内稳定性的核酸适配体是核酸适配体领域的技术瓶颈。本文首先简单介绍了SELEX技术的基本原理和核酸库的设计、筛选过程监控、次级文库制备、测序和候选适配体筛选等关键步骤。接着归纳总结了30多年来核酸适配体筛选技术的6个主要研究方向、研究进展和局限性。这6个主要研究方向分别是提高适配体特异性的筛选方法、提高适配体稳定性(抗核酸酶降解能力)的筛选方法、快速筛选方法、复杂靶标适配体筛选方法、小分子靶标适配体筛选方法、提高适配体亲和力的筛选方法。其中快速筛选技术是长期以来持续关注的研究方向,几乎所有物理分离手段都已用于提高SELEX的筛选效率。最近,高效化学反应与SELEX技术的结合为核酸适配体的快速筛选提供了新的策略。本文随后对适合小分子靶标核酸适配体筛选的3类方法进展和存在的问题进行了重点评述。这3类方法分别是基于靶标固定的筛选技术、基于文库固定的筛选技术(捕获-SELEX,Capture-SELEX)和均相筛选技术(氧化石墨烯-SELEX,GO-SELEX)。基于靶标固定的筛选技术尽管存在空间位阻等众多问题,由于其操作的简单性,目前依然应用广泛。近年来Capture-SELEX应用广泛。结合36种靶标适配体的筛选实验条件(文库设计、正筛靶标浓度、负筛靶标的选择和浓度)和所获得的适配体的亲和力(KD,解离常数,dissociation constant)和特异性,对Capture-SELEX的实验条件与适配体性能的关系进行了讨论。统计数据表明,降低正筛靶标浓度有利于提高适配体的亲和力,但不是必要条件。负筛选是目前提高适配体特异性的主要技术手段,但适配体的特异性还不能满足实际需求。负筛选靶标及其浓度的选择差异很大,而且36种靶标中有20种靶标的适配体筛选没有进行负筛选。如何提高核酸适配体的特异性是目前小分子靶标核酸适配体所面临的难题,急需寻找新的策略。本文还列表归纳了近三年利用GO-SELEX进行的13种小分子靶标的实验条件和所获得的适配体的KD和特异性。统计数据表明,GO-SELEX比Capture-SELEX所需要的筛选轮数少,两种方法所获得的适配体的亲和力多在纳摩尔每升水平。Capture-SELEX相对较低的筛选效率应该主要由于文库的自解离问题。核酸适配体的亲和力评价是候选核酸适配体结构与性能评价的重要组成部分。常用的核酸适配体亲和力评价技术包括基于分离、基于固定、均相体系三大类十多种方法。假阳性和假阴性是各种评价技术都有可能存在的问题。本文以纳米金比色法和等温热滴定技术为例评述技术进展,讨论导致不同亲和力评价技术结果不一致性问题的根本原因。本文最后对核酸适配体筛选技术、亲和力评价技术和技术的标准化的未来发展趋势进行了展望。
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    贾海静, 高亚菁, 娄新徽.综述与专论: 核酸适配体筛选与亲和力评价技术主要研究方向、进展与挑战[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2051-2076.Export: BibTex EndNote
  • 吴彩虹, 韩冬梅, 金昊
    2023, 50(9): 2023,50(9):2077-2083
    DOI: 10.16476/j.pibb.2023.0286
    肾癌是泌尿系统最常见的肿瘤之一,发病率呈上升趋势。肾细胞癌作为肾脏肿瘤的主要类型,具有较高的局部浸润和远处转移的频率,约33%~50%的肾细胞癌患者在发现时已发生转移。由于肾细胞癌早期无特异性体征和症状,主要治疗手段是手术切除,对放化疗不敏感,治疗手段有限,因此肾细胞癌的早期诊断能够大大提高肾细胞癌有效治疗的机会,对于肾癌的有效治疗具有十分重要的意义。核酸适配体是通过指数富集的配体系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX),从核酸分子文库中得到的寡核苷酸片段,能够选择性地与小分子配体或高亲和力的蛋白质靶标结合,对靶分子或细胞具有较高的亲和力和特异性,目前已广泛应用于肿瘤影像学诊断及靶向治疗中。本文主要综述了与肾癌相关的核酸适配体,并对于适配体在肾癌诊疗中的应用进行了总结和讨论。
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    吴彩虹, 韩冬梅, 金昊.综述与专论: 核酸适配体在肾癌中的应用[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2077-2083.Export: BibTex EndNote
  • 杜梦寒, 王敬, 华胜妮, 石玉生, 张兴梅
    2023, 50(9): 2023,50(9):2084-2092
    DOI: 10.16476/j.pibb.2023.0281
    传统的肿瘤治疗方法因缺乏足够的靶向性而会产生严重的毒副作用。外泌体(exosome)是一种天然的纳米囊泡,参与细胞间的信息传递,并且作为药物递送载体具有出色的性能优势,包括低免疫原性、低毒性和能够穿越天然屏障等特点。然而以外泌体为载体的药物递送系统的靶向能力仍有不足。适配体(aptamer)是一类化学合成的单链核酸分子,具有分子质量小、易于修饰和免疫原性低等特点,可作为亲和性配体与靶向分子特异性结合。通过在外泌体表面修饰适配体,药物可以被精确递送到肿瘤细胞发生部位,从而实现对肿瘤的靶向治疗,提高肿瘤治疗效果,减少毒副作用。本篇综述将重点讨论适配体功能化外泌体药物靶向递送系统在各种肿瘤治疗方面的应用,并对其未来的挑战和机遇进行阐述。
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    杜梦寒, 王敬, 华胜妮, 石玉生, 张兴梅.综述与专论: 适配体功能化外泌体在肿瘤靶向治疗中的应用[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2084-2092.Export: BibTex EndNote
  • 细胞外囊泡通过参与细胞间通讯,在诸多生理病理过程中发挥着重要作用。因此,细胞外囊泡的分离分析对理解其生物学功能以及发展基于囊泡的疾病诊疗方法具有重要价值。细胞外囊泡的高效分离以及高灵敏可靠检测很大程度上取决于识别配体。核酸适配体是一类高效、特异结合其靶标分子的单链寡核苷酸。核酸适配体的易修饰和可程序化设计等特征,使其成为细胞外囊泡分离和分析的理想识别配体。为提高细胞外囊泡的分离效率,研究者们提出多种策略用于提升核酸适配体的亲和力,以及界面与细胞外囊泡的接触几率。此外,分离不同亚型的细胞外囊泡有助于理解细胞外囊泡的生物学意义。在细胞外囊泡分析方面,根据核酸适配体与细胞外囊泡识别信号的转导方式不同,分为电化学、可视化、表面增强拉曼光谱、荧光法等方法。本文综述了核酸适配体的筛选以及其在细胞外囊泡分离和分析中的最新进展、挑战及未来方向。
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    朱琳, 郑美玉, 王宇林, 袁丽杰, 伊雪, 池彩星, 王汇, 吴玲玲, 杨朝勇.综述与专论: 基于核酸适配体的细胞外囊泡分离分析方法[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2093-2116.Export: BibTex EndNote
  • 即时检测(point-of-care testing,POCT)是一种检测成本低、检测速度快、准确度高、能自我采样获得临床诊断结果的新型诊断技术。该技术在临床诊断、病情监控与疫情防控等领域发挥了重要作用。核酸适配体是一种能够特异性识别多种靶标的分子探针,具有易合成、批间差异小、易实现信号放大等突出优势,是生物医学传感器中重要的分子识别元件。本文概述了核酸适配体探针的现有筛选方法和进展,总结了核酸适配体POCT传感器信号放大策略,着重介绍了各类核酸适配体传感器在POCT领域的应用现状,并对核酸适配体POCT传感器的发展前景进行了展望。
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    方依, 朱春燕, 何平, 朱春楠, 刘晓军, 郑冬云, 刘超.综述与专论: 基于核酸适配体传感器的即时检测(POCT)技术[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2117-2130.Export: BibTex EndNote
  • 李薇, 陈静, 张旭, 袁宝银, 臧明玺
    2023, 50(9): 2023,50(9):2131-2145
    DOI: 10.16476/j.pibb.2023.0285
    肿瘤细胞异常的糖基化模式是癌症的标志,在恶性转化和癌症进展中起着至关重要的作用。不同机制导致的肿瘤相关碳水化合物抗原(tumor-associated carbohydrate antigens,TACAs)不仅是临床肿瘤学诊断中公认的生物标志物,也为治疗干预提供了特定的靶点。适配体作为抗体或凝集素的有力替代品,近年来在碳水化合物的识别中展现了潜在的应用价值。本文聚焦于癌症中异常的糖基化改变,综述了目前TACAs识别适配体的开发进展。依据适配体筛选程序中的靶标来源,阐述了针对3种类型靶标,包括糖类分子、蛋白质聚糖表位,以及血清糖类抗原的筛选策略。从筛选方法、性能指标及相关应用性方面对适配体进行了总结,并讨论了当前研究中存在的问题和未来发展方向。
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    李薇, 陈静, 张旭, 袁宝银, 臧明玺.综述与专论: 肿瘤相关碳水化合物抗原的适配体研究[J].生物化学与生物物理进展,2023,50(9):2131-2145.Export: BibTex EndNote
  • 目的 通过对比对照组和太极拳运动组,评价太极拳运动在早中期帕金森病患者康复作用。方法 45例帕金森病患者随机分为对照组(n=15),不接受干预。太极拳1组(n=15)采用24式简化太极拳练习,每次40min,每周3次。太极拳2组(n=15)采用24式简化太极拳练习,每次60min,每周3次。在基线、12周、24周运动后评估患者跌倒功效量表(FES),计时起立-行走时间测定(TUGT),Berg平衡量表评分(BBS)、统一帕金森病评定量表(UPDRS)III评分。结果 太极拳1组,24周对比基线在TUGT、BBS评分的改善上有统计学意义(P<0.05)。太极拳2组,24周对比基线在TUGT、BBS评分的改善上有统计学意义(P<0.05),24周对比12周在TUGT的改善上有统计学意义(P<0.05)。结论 太极拳运动可以改善早中期帕金森病患者的平衡障碍,可降低跌倒风险。
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    王美华, 干敏, 吴海琴, 余丹霞, 陈志华, 钱平安, 徐凯, 宓洪挺, 沈凯杰, 丁美娜, 吴洪, 翁秋燕.不同训练负荷太极拳运动对早中期帕金森病患者康复疗效[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
  • 巨噬细胞作为先天免疫系统识别外界环境刺激的先锋,能够响应环境细微变化对自身功能实现适应性调节,在维持体内稳态和抵抗感染方面起着关键作用。生理或病理组织微环境存在多种机械应力刺激,对巨噬细胞的免疫功能具有重要影响。本综述将围绕机械应力对巨噬细胞的功能调节,从影响细胞行为和极化的角度综述相关研究进展,总结巨噬细胞机械感知及转导的分子机制,展望巨噬细胞力学生物学研究在组织工程、再生医学以及肿瘤免疫治疗领域的应用前景,为深入理解巨噬细胞功能可塑性提供有力支持。
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    张亚宁, 张艺扉.机械应力对巨噬细胞的功能调节作用及机制[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
  • 阿尔兹海默病(Alzheimer,S disease)AD是一种神经退行性疾病,药物治疗是目前AD治疗的主要策略,但仅起到延缓或减轻作用。本文旨在综述各种感觉刺激和多感官刺激对AD的影响,并解释可能的机制,为进一步研究提供新思路。对光刺激疗法、气味刺激疗法、声音刺激疗法、节律性刺激、多感官刺激进行了系统分析,结果显示,这些感觉和多感官刺激可以有效改善AD的病理状态,唤起记忆,改善认知和行为。
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    郭蓉霞, 唐敏, 王正春, 王贺, 李婉怡, 李娟, 王钦文.感觉刺激在阿尔兹海默病干预中的应用[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
  • 线粒体是参与MI/R损伤的关键细胞器,线粒体ROS爆发、Ca2+失调、mPTP开放、线粒体肿胀、促凋亡蛋白释放等都会导致线粒体功能障碍,心肌功能受损。运动是预防心肌缺血再灌注损伤的有效干预手段,其保护作用可能通过线粒体来实现。运动保护心肌缺血再灌注损伤的线粒体机制由多种因素决定,如线粒体能量学、KATP通道、mPTP、ΔΨm、线粒体蛋白、线粒体脂质、线粒体质量控制、远程调控因子等。本文综述了MI/R产生的线粒体机制,运动对MI/R的保护作用以及线粒体在其中的作用,以期为心肌缺血再灌注损伤的线粒体治疗策略提供参考。
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    姬卫秀, 耿燚, 王硕, 赵云罡.线粒体在运动保护心肌免受缺血再灌注损伤中的作用[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
  • N-乙酰氨基葡萄糖苷内切酶(Endo-beta-N-acetylglucosaminidase, ENGase)广泛分布于各种生物中,主要通过降解错误折叠的糖蛋白,参与细胞和生命的调控。ENGase也是糖链编辑的有效工具酶,可专一性水解游离寡糖链及糖肽或糖蛋白上核心五糖的N-乙酰氨基葡萄糖(GlcNAc)之间的β-1,4糖苷键。其水解产物是寡糖链和一个GlcNAc,或带有一个GlcNAc的糖肽或糖蛋白。本文对ENGase的发现、分布、蛋白结构、酶学反应及生物学功能进行阐述,为ENGase的生物学研究提供思路,为糖生物学与糖组学的应用研究奠定基础。
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    芦鑫荣, 童永亮, 孔维溧, 邹 琳, 沈旦枫, 吕绍衔, 刘瑞杰, 张绍兴, 张瑜芯, 侯琳琳, 孙桂芹, 陈力, .N-乙酰氨基葡萄糖苷内切酶的功能与机制[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
  • 小细胞外囊泡(small extracellular vesicles, sEVs)是由细胞分泌的一种细胞外囊泡,产生于多泡体,多泡体与质膜融合并释放到细胞外基质。由于小细胞外囊泡可以携带分子量相对较小的核酸、蛋白质、脂质,能够执行细胞间物质传递、细胞间通讯等功能。因此,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅参与细胞正常生理过程,也可以在多种疾病的发生发展过程中起重要作用。本文综述了小细胞外囊泡在非酒精性脂肪肝病(NAFLD)中的作用,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅有望成为NAFLD诊断的标志物,同时也具有治疗NAFLD的潜在作用,或能为治疗NAFLD提供新思路。
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    李 想, 李 晔.小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA在非酒精性脂肪肝病中的作用[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
  • 缺血性脑卒中是由脑血管梗塞引起的急性脑血管病,具有较高的发病率、致残率和致死率。研究发现,过度自噬或自噬不足均可导致细胞损伤。自噬包括自噬体的形成和成熟、自噬体与溶酶体融合、自噬底物在自噬溶酶体内的降解和清除,这些过程呈连续状态则称为自噬流。研究发现,脑缺血可导致自噬体与溶酶体间发生融合障碍,从而引发自噬流损伤。细胞内膜融合由3种核心组份介导,即N-乙基马来酰亚胺敏感因子(N-ethylmaleimide sensitive factor,NSF)ATP酶,可溶性NSF粘附蛋白(soluble NSF attachment protein,SNAP)及可溶性NSF粘附蛋白受体(soluble NSF attachment protein receptors,SNAREs)。当SNAREs介导自噬体与溶酶体融合后以非活性的复合体形式存留于自噬溶酶体膜,须被NSF再激活为单体后方可发挥新一轮的膜融合介导作用,而NSF是唯一可再激活SNAREs的ATP酶。新近研究表明,脑缺血可显著抑制NSF ATP酶活性,导致其对SNAREs再激活减少,这可能是自噬体与溶酶体间发生融合障碍并导致神经元自噬流损伤的病理机制。本文就NSF ATP酶失活导致SNAREs互作失调、自噬体与溶酶体融合障碍、以及蛋白水解酶向溶酶体的转运不足引发神经元自噬流障碍的病理机制进行阐述,并针对NSF ATP酶失活改善神经元自噬流的方法进行探讨,为提高脑卒中治疗提供参考并指明深入研究方向。
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    雷倩, 邓仪昊, 唐顺聪, 俞春雷, 何红云.脑缺血后NSF ATP酶失活致神经元自噬流障碍的病理机制[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
  • 目的 分子对接在预测分子之间的结合模式和亲和力方面起着至关重要的作用,是计算结构生物学和计算机辅助药物设计研究的重要方法。本研究团队近期开发了一款基于模板的新型对接方法FitDock,当存在近似的蛋白质配体模板时,它在准确性和速度方面都超过了业界常用的分子对接方法。为了增强FitDock方法的可用性,使其在分子模拟领域得到更广泛的应用,很有必要发展图像化的软件工具。方法 基于Python图像化编程,我们开发了FitDockApp,这是分子可视化软件PyMOL的插件软件。结果 FitDockApp能够通过操作窗口界面,实现基于模板的分子对接和配体结构比对,实时显示预测三维结构,并提供将对接文件上传到实验室服务器获取最优模板的便利。此外,FitDockApp还具备批量对接功能。结论 FitDockApp通过用户友好的界面简化了对接过程,并提供强大的功能,帮助研究人员获得精确的对接结果。FitDockApp是一款免费软件,兼容Windows和Linux系统,可在http://cao.labshare.cn/fitdock/下载
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    王有钧, 杨羽婵, 刘扬, 肖智雄, 曹洋.FitDockApp:基于模板的分子对接PyMOL插件图形化计算软件[J].生物化学与生物物理进展.Export: BibTex EndNote
期刊信息
主办单位:中国科学院生物物理研究所和中国生物物理学会 编辑出版:《生物化学与生物物理进展》编辑部 主编:赫荣乔 通信地址:北京市朝阳区大屯路15号 邮政编码:100101 电话:010-64888459 Email:prog@ibp.ac.cn 期刊收录:SCI,CA,SCOPUS,JST,俄罗斯文摘,核心期刊,CSCD,WJCI ISSN:1000-3282 当期目录
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