R-藻红蛋白在不同pH条件下的光谱研究表明,在pH5～8范围内,R-藻红蛋白的结构特征变化不大。能量传递是从藻尿胆素传给敏化-藻红胆素,再传递到荧光-藻红胆素,而不在α,β亚单位间进行。敏化-藻红胆素易受pH的影响,在pH6时有最强的Cotton效应,当pH小于或大于6时,它的Cotton效应变得很弱,荧光-藻红胆素受pH影响小。