染色质免疫沉淀-测序：全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术

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染色质免疫沉淀-测序：全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术
DOI:
                        
                    
作者:
                        
                        
                    
作者单位:中南大学肿瘤研究所,中南大学肿瘤研究所,中南大学肿瘤研究所,中南大学肿瘤研究所,中南大学肿瘤研究所,中南大学肿瘤研究所,中南大学肿瘤研究所,中南大学肿瘤研究所
作者简介:
通讯作者:
中图分类号:
基金项目:国家自然科学基金资助项目(81272298, 30871282, 30871365, 81172189, 81171930)，湖南省自然科学基金(10JJ7003)，霍英东高校青年教师基金(121036)，中央高校基本科研业务费专项资金(2011JQ020)，中南大学米塔尔创新创业项目(11MX27)和中南大学贵重仪器设备开放共享基金资助项目

ChIP-seq: a New Technique for Genome-wide Profiling of Protein-DNA Interaction

Author:

Affiliation:

Cancer Research Institute, Central South University,Cancer Research Institute,Central Sourth University,Cancer Research Institute,Central Sourth University,Cancer Research Institute,Central Sourth University,Cancer Research Institute,Central Sourth University,Cancer Research Institute,Central Sourth University,Cancer Research Institute, Central South University,Cancer Research Institute,Central Sourth University

Fund Project:

This work was supported by grants from The National Natural Science Foundation of China (81272298, 30871282, 30871365, 81172189 and 81171930), The Hunan Province Natural Sciences Foundation of China (10JJ7003), The Fok Ying Tong Education Foundation (121036), The Fundamental Research Funds for The Central Universities (2011JQ020), The Mittal Innovative Entrepreneurial Project of Central South University (11MX27) and The Open-End Fund for the Valuable and Precision Instruments of Central South University

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摘要:

染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合，在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术．在新一代测序(NGS)技术的大力推动下，ChIP-seq提供了一种相对于ChIP-chip高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法．随着测序成本的降低，ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段．本文就该技术的最近研究进展进行综述，并着重介绍ChIP-seq数据分析过程及该技术的实际应用情况.

Abstract:

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a burgeoning technique which combines Chromatin immunoprecipitation (ChIP) with massively parallel DNA sequencing to detect protein-DNA binding events, histone modifications, nucleosomes positioning and DNA methylation on a genome-wide scale. Motivated by the tremendous progress in next-generation sequencing (NGS) technology, ChIP-seq offers higher resolution, less noise, and broader coverage than conventional microarray based ChIP-chip．With the decreasing cost of sequencing, ChIP-seq has become an indispensable tool for studying gene regulation and epigenetic mechanisms. In this review, we describe its latest advances, with an emphasis on issues related to data analysis and its application.

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引用本文

梁芳,徐柯,龚朝建,李俏,马健,熊炜,曾朝阳,李桂源.染色质免疫沉淀-测序：全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术[J].生物化学与生物物理进展,2013,40(3):216-227

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收稿日期:2012-06-21
最后修改日期:2012-11-21
接受日期:2012-11-28
在线发布日期: 2013-03-26
出版日期: 2013-03-20

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