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核糖体谱技术及其应用
Application of Ribosome Profiling
投稿时间:2012-07-27  修订日期:2012-10-27
中文关键词:  核糖体谱,RNA测序,蛋白质翻译,翻译效率
英文关键词:ribosome profiling, RNA-seq, translation, translation efficiency
基金项目:国家自然科学基金资助项目(30900830,81172770),国家重点基础研究发展计划(973)(2012CB518200)和蛋白质组学国家重点实验室自主研究课题资助项目(SKLP-K201004)
作者单位E-mail
贾志龙 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京 100850国防科学技术大学理学院化学与生物学系长沙 410073 zhilongjia@gmail.com 
屈武斌 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京 100850 quwubin@gmail.com 
卢一鸣 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京 100850 luyiming1986@gmail.com 
骆志刚 国防科学技术大学计算机学院长沙 410073 zgluo@nudt.edu.cn 
张成岗 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京 100850 zhangcg@bmi.ac.cn 
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中文摘要:
      目前,系统地分析蛋白质翻译的技术手段仍然远远落后于转录水平上的分析技术. 基于核糖体保护的mRNA片段的深度测序而产生的核糖体谱(ribosome profiling)为人们在单核苷酸水平上研究全基因组范围内的蛋白质翻译过程和翻译调控事件提供了一个更加深入、精确的方法. 本文主要介绍了核糖体谱技术的产生和发展过程,概括了构建核糖体谱的操作和数据分析方法, 同时对核糖体谱技术在发现新的开放阅读框、研究microRNA作用机理、表征翻译效率和差异翻译、预测蛋白丰度、研究蛋白质翻译机理等方面的应用进行了总结,最后分析了这一技术的发展前景.
英文摘要:
      So far, systematic analysis of protein translation process is still far behind that of transcriptome. The ribosome profiling, based on deep sequencing of the ribosome-protected mRNA fragments, makes it possible to deeply and precisely study genome-wide protein translation process and translation regulation. This review introduces the development, construction and analysis of the ribosome profiling, and focuses on its wide applications. These applications include discovering novel ORFs (such as uORF and sORF), deciphering the mechanism of microRNA functional roles, charactering the translation efficiency and differential translation, predicting the protein abundance and illustrating the mechanism of protein translation. Finally, we analyze the broad development prospect of ribosome profiling.
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