拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析

doi:10.16476/j.pibb.2019.0139

首页 > 过刊浏览>2019年第46卷第11期 >1118-1129. DOI:10.16476/j.pibb.2019.0139

拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析
DOI:
                        10.16476/j.pibb.2019.0139
                    
CSTR:
                        
                    
作者:
                        邢永强1,2邢永强
1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院，包头 014010;2)内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室，包头 014010
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何泽学1何泽学
1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院，包头 014010
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刘国庆1,2刘国庆
1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院，包头 014010;2)内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室，包头 014010
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蔡禄1,2蔡禄
1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院，包头 014010;2)内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室，包头 014010
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作者单位:1.1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院，包头 014010;2.2)内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室，包头 014010
作者简介:Tel:86-472-5951944Tel：86-0472-5951944
通讯作者:
中图分类号:
基金项目:国家自然科学基金(61662055, 61671256, 31660322)、内蒙古自然科学基金(2018MS03024)和内蒙古自治区高等学校青年科技英才支持计划资助项目.

Differential Analysis of Gene Expression and Alternative Splicing in Different Tissues of Arabidopsis thaliana

Author:

XING Yong-Qiang ^{^1,2}
XING Yong-Qiang
1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China;2)The Inner Mongolia Key Laboratory of Functional Genome Bioinformatics, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China
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HE Ze-Xue ^¹
HE Ze-Xue
1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China
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LIU Guo-Qing ^{^1,2}
LIU Guo-Qing
1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China;2)The Inner Mongolia Key Laboratory of Functional Genome Bioinformatics, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China
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CAI Lu ^{^1,2}
CAI Lu
1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China;2)The Inner Mongolia Key Laboratory of Functional Genome Bioinformatics, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China
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Affiliation:

1.1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China;2.2)The Inner Mongolia Key Laboratory of Functional Genome Bioinformatics, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China

Fund Project:

This work was supported by grants from The National Natural Science Foundation of China (61662055, 61671256, 31660322), the Natural Science Foundation of Inner Mongolia (2018MS03024) and The Program for Young Talents of Science and Technology in Universities of Inner Mongolia Autonomous Region.

摘要

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文章评论

摘要:

可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式，也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源. 近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成，研究人员发现植物pre-mRNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关. 本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据，使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具，识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件，以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件，并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析. 该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性，有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.

关键词:拟南芥;差异表达基因;差异可变剪接;组织特异性

Abstract:

Alternative splicing is crucial for post-transcriptional regulation and is responsible for transcriptome and proteome diversity. In recent years, with the completion of transcriptome sequencing of plants such as Arabidopsis thaliana, Oryzasativa, and Maize, researchers found that pre-mRNA alternative splicing in plant is involved with tissue differentiation and development, etc. In this work, RNA-seq data was downloaded from GEO database. Trimmomatic, Salmon, DESeq2, SUPPA2 and other tools were employed to detect expression genes and alternative splicing events in seed, root, leaf, flower, pedicel, internode and pod across the Arabidopsis. Then, differentially expressed genes and differential alternative splicing events were identified throughout 7 tissues. Furthermore, the comparison between leaves and flowers was taken as an example to display the corresponding biological functions. In this study, the tissue specificity of gene expression and alternative splicingin Arabidopsis was systematically investigated. It’s helpful for elucidating gene expression mechanism in plant genome.

Key words:Arabidopsis thaliana;differentially expressed gene;differential alternative splicing;tissue specificity

引用本文

邢永强,何泽学,刘国庆,蔡禄.拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析[J].生物化学与生物物理进展,2019,46(11):1118-1129

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收稿日期:2019-06-24
最后修改日期:2019-09-07
接受日期:2019-09-10
在线发布日期: 2020-04-13
出版日期: 2019-11-20

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