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1． 深度学习在生物质谱领域的应用
质谱仪器在近年来发展迅速，扫描速度、质量精度等性能日益提高。然而，与质谱仪器高速发展不相匹配的是数据处理方式发展有限，成为蛋白质组研究新的技术瓶颈。随着深度学习技术的发展，这一最前沿的机器学习方法势必将在质谱数据解析领域发挥越来越重要的作用。当前在de novo测序、肽段谱图预测以及质谱成像等领域已经有深度学习方法应用的出现，下文将对这一领域作初步的介绍。
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1．1 深度学习在肽段从头测序(de novo)中的应用
在蛋白质组学研究中，de novo测序方法是发现未知序列新蛋白的重要方法。由于无数据库序列作参考，de novo测序只能利用二级谱图信息以及一级母离子精确质量数进行肽段氨基酸序列的确认。在近几十年的研究中，诞生了许多工具软件，如PEAKS[19]、pNovo[20]、Novor[21]及MSNovo[22]等，极大地促进了这一领域的发展。但需要注意的是，de novo在许多方面仍存在技术难题，如混合谱的存在会干扰目标肽段的鉴定，重要肽段碎片的缺失以及大量肽段中性丢失峰的存在使得精确的肽段序列鉴定存在困难等。另外，由于对解析出的序列缺乏有效的验证手段，de novo方法在结果的准确性确认方面也面临许多问题。近年来，随着越来越多抗体药物的上市，对抗体进行精确的序列测定在药物研发、试剂开发中扮演着日益重要的角色[23]。抗体互补决定区（complementarity－determining regions，CDR）的氨基酸一级序列是抗体分子发挥生物学功能的核心区域，对这一区域序列的精确分析具有重要的药物开发价值。因此de novo方法在抗体药物测序领域发挥着重要作用。鉴于此，当前生物质谱研究领域迫切需要开发高效率、高精度的de novo数据分析方法。
结合最新发展的深度学习方法，2017年加拿大滑铁卢大学的李明教授团队开发了基于深度学习方法的肽段从头测序框架DeepNovo[24]。DeepNovo采用两组CNN与一组长短期记忆人工神经网络(long short-term memory，LSTM)进行肽段的de novo测序，其中，两组CNN分别称为ion-CNN与spectrum-CNN，均以Tensorflow框架为核心搭建而成。在这项研究中，任意一张质谱图可以被理解为柱状图数据，即质荷比与该质荷比下强度信息。由于一张谱图中存在大量的质荷比分布，因此，数据呈现出高度复杂度。在结果输出即肽段预测方面，本方法将所有的肽段序列理解为20L (L为肽段长度，20为理论上氨基酸种类)的排列形式。综上，这一模型选取质谱二级谱图作为输入层，而按氨基酸顺序排列的肽段作为输出层，框架结构如图2所示。其中，在spectrum-CNN部分中，DeepNovo学习谱图的一般特征，结果如图中prefix lookup部分所示，并将其传递到LSTM神经网络中；而在ion-CNN部分中，通过学习当前谱图特征，给出预测的氨基酸候选可能，这样以来，可以得到两组信息，即从ion-CNN学习得到的信息以及经过spectrum-CNN和LSTM后得到的信息，将这两组信息进行整合，可以得到未知肽段的序列预测。经过DeepNovo进行分析后，准确度大幅领先目前已有的de novo方法，在氨基酸和肽段精确度上分别提高7.7-22.9%和38.1-64.0%。进一步将DeepNovo应用于抗体轻链与重链的全序列重构，在无蛋白数据库辅助的前提下，实现了97.5-100%的序列覆盖度以及97.2-99.5%的准确度。以上结果展示了深度学习方法应用于谱图解析上巨大的成功，也为将来深度学习应用于其他类型质谱数据的解析提供了有益参考。
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1．2 深度学习在肽段二级谱图碎片离子预测中的应用
实验中得到的肽段的二级质谱碎片谱图与理论碎片谱图的比对是当前Mascot、Sequest、pFind、Peaks等常见的蛋白质组学数据库检索软件进行质谱数据解析的基础，因此，肽段碎裂谱图的理论预测对于数据库检索策略而言至关重要。在一张肽段的二级谱图中，信息包含两个维度，即质荷比(m/z)与信号强度。当前的主要数据库检索工具往往只利用了质荷比信息，而忽略了信号强度信息。在这一领域，目前已经有了一些利用机器学习方法进行肽段谱图预测的尝试，如MassAnalyzer[25]、 MS-Simulator[26]以及PeptideART[27]等，但总体效果并不理想。鉴于肽段谱图数据中各碎片信息之间存在前后关联形式，因此RNN以及由此衍生出的长短期记忆网络( Long Short-Term Memory, LSTM)在谱图预测方面具有可预见的优势。这是由于在RNN中，上一隐藏层的信息可有效传递至下一隐藏层，从而更好地利用了质谱数据中质荷比的前后相关性。基于此，Zhou等[28]开发了pDeep算法，利用双向长短时记忆循环神经网络(bidirectional long short-term memory, BiLSTM)进行了肽段二级谱图的预测。模型是采用Keras平台下Tensorflow运行环境搭建而成，通过采用图形处理器(GPU)进行运算，通过前期模型考察，选取两层隐藏层构建BiLSTM模型。最终，Zhou等收集了近400万张高精度的二级质谱图，包含了HCD、ETD及EThcD等不同的碎裂模式。通过进行模型训练，pDeep可以实现对3种碎裂方式进行谱图预测，并且结果中平均皮尔森相关系数大于0.9，证明了方法的稳定可靠。另外，这一策略也发现，神经网络中间层得到的信息可以揭示肽段的一些理化性质，可以从一个侧面理解肽段理化性质对于肽段二级碎裂具有影响。另外，此策略对于质量数相近的氨基酸组成，例如GG与N，AG与Q，甚至I与L等这些在普通数据检索策略中无法区分的情况都可以实现有效判别，其中对于I与L可在HCD谱图中实现0.67的分辨准确率，而在EThcD谱图中准确率更是高达0.76。pDeep的成功构建说明使用机器学习方法对理论肽段序列进行二级谱图预测具有广阔的应用前景，未来势必会对肽段数据检索算法的提升提供重要指导。
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1.3 深度学习应用于肽段性质预测
肽段的定性与定量是基于“bottom-up”方法的蛋白质组学研究中的核心内容，而肽段的准确定性定量与其质谱特征的提取及理化性质的预测密切相关。在液相色谱-质谱串联分析中，肽段的保留时间预测在非标定量研究以及多反应监测方法开发中具有重要的应用价值。肽段的色谱保留时间主要由肽段的理化性质决定，之前已有一些对其进行预测的算法出现，如SSRCalc、ELUDE、GPTime等，但存在较大的预测误差，实际应用存在不少困难。鉴于此，Ma等[29]发展了DeepRT方法，将深度学习方法用于液相色谱中肽段保留时间的预测。DeepRT利用了CNN与RNN两种方法提取肽段特征，其中CNN过程使用了4层卷积网络，用来处理肽段序列。RNN则处理每一个肽段序列，并把每个氨基酸视作长度为20的向量。经过两种神经网络的特征提取后，利用主成分分析进行降维，继而采用常见的三种机器学习方法-支持向量机、随机森林及梯度提升进行保留时间的预测，由于神经网络方法并无特定的特征提取方式，更少的依赖人为经验，而是机器根据数据类型自动学习处理，因此往往能够实现更为有效的特征提取，从而实现保留时间的精确预测。通过将已发表的数据集按比例分成训练集、验证集及测试集(8:1:1)，DeepRT模型得到有效训练，实现了理论预测值与真实值相关性接近0.99，和在与其他保留时间预测软件ELUDE和GPTime的对比中更精确的保留时间预测。
在液相色谱串联质谱分析中，肽段的色谱及质谱性质提取是最基本的处理步骤，其包含三个维度的数据信息，即肽段的质荷比、保留时间以及肽段信号强度，从而形成一个3D图形。目前的肽段色谱及质谱性质提取是根据预先设置好的参数，利用先验知识进行特定类型的特征提取，在特征识别的灵敏度上仍存在许多问题。鉴于此，Zohora等[30]开发了一套基于深度学习的肽段色谱及质谱性质提取策略DeepIso，采用CNN扫描液相谱图，监测肽段特征，并将其应用于肽段的色谱及质谱性质提取及定量研究。DeepIso框架分为三部分，即CNN训练、利用训练出的CNN进行数据的肽段色谱及质谱性质提取以及提取结果的验证。利用该策略对采用Asp-N、Chymotrypsin和trypsin酶切处理的抗体轻重链共6个样品的肽段进行色谱及质谱性质提取，实现了数据库检索中93.21%鉴定结果可与特征提取峰相匹配，并实现了高达99.44%的特征提取的准确度。这一应用揭示了深度学习方法在基于液相色谱-质谱串联分析的蛋白质组定性及定量流程中肽段色谱及质谱性质提取方面的应用潜力。
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1．4 深度学习在数据非依赖分析中的应用
目前数据非依赖采集（Data Independent Acquisition, DIA）是定量蛋白质组学研究中发展迅速的技术。其可以将固定宽度质量窗口下所有母离子进行二级碎裂，采集得到所有母离子的二级碎片质谱图，从而实现高覆盖的定量方法。然而，正是由于较宽的一级质量窗口，导致二级谱图中存在来自大量不同肽段的碎片相互干扰，使得DIA方法的直接定性存在很大困难。另外，当前的DIA数据解析方法，如DIA-umpire[31]，PIQED[32]等，仅能鉴定数据库中的蛋白，无法发现未知序列肽段。因此，尽管DIA数据中包含丰富的蛋白质组信息，但由于其数据结构的高度复杂性，现有策略无法进行充分、准确的解析，限制了DIA技术的进一步推广。深度学习方法对于高复杂度的数据具有比传统方法更为有效的优势，近期也有关于深度学习方法应用于DIA研究的报道。据加拿大滑铁卢大学李明教授最新的综述文章透露，其研究小组正在开发基于深度学习的数据解析工具DeepDIA，将可以对DIA扫描中的谱图进行de novo测序[33]。据介绍，前期的实验结果显示DeepDIA在DIA数据的de novo分析中展现出高准确度和可靠性。更详细的介绍需要在其文章发表后可见。另外，由 Vadim等[34]开发的DIA-NN(Data Independent Acquisition by Neural Networks)工具亦利用人工神经网络提高DIA数据中母离子的鉴定能力，并进一步提高蛋白定量的准确度。随着深度学习技术的发展，更多先进的分析方法与DIA相结合将使得DIA策略愈加强大和完善。
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1．5 深度学习在质谱成像方面的应用
质谱成像技术(mass spectrometry imaging，MSI)是主要以MALDI为基础的成像方法，该方法通过质谱直接扫描生物样品，离子化并检测其表面分子进而成像，以实现在同一张组织切片或组织芯片上同时分析数百种化合物分子的空间分布特征。目前已进入了临床研究领域，其前所未有的细节呈现能力为分析组织样本提供了独特的优势[35]。在前期，已经有一些利用机器学习进行质谱成像数据分析的研究出现[36]，如Boskamp等[37]利用线性判别分析方法(linear discriminant analysis)区分不同类型肿瘤的特征。得益于质谱技术的发展，当前质谱成像数据的规模与信息量愈发庞大，因此急需发展相应高效数据解析方法。随着深度学习技术的发展，许多研究小组尝试将深度学习方法应用到质谱成像的数据解析。由于目视检查肿瘤组织并不能有效区分肿瘤及其亚型与健康组织的差异并揭示复杂代谢变化，Inglese等[38]利用基于非监督神经网络方法的非线性降维方法(parametric t-SNE)进行数据降维，以更好的发现不同肿瘤样本中的生物异质性。Behrmann等[39]尝试将CNN运用到质谱成像领域，对肺癌中腺癌与鳞癌两组样本进行分类，并通过交叉验证证实了深度学习方法的可靠性。以上尝试也证明了深度学习方法在未来大规模临床样本质谱成像的数据分析中会发挥越来越重要的作用。
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2． 深度学习应用于蛋白质组学研究
随着近年来质谱技术的飞速发展，分析灵敏度和通量显著提高，进而产生出越来越大的蛋白质组数据规模，进入了大数据时代。然而，面对与日俱增的数据规模，常规的数据分析方法愈发束手无策，无法有效解读。因此，机器学习方法开始逐渐进入蛋白质组学数据解析领域[40]。蛋白质组学中常用的质谱分析模式为自下而上(bottom-up)，即质谱采集分析被特定蛋白酶如胰蛋白酶（trypsin）酶解的蛋白质肽段片段，进而推导出其对应的蛋白质。蛋白质组学数据往往呈现多维特征，包含成百上千样本来源以及数以万计蛋白种类的定量信息。常见的机器学习方法往往无法充分挖掘其包含的丰富信息，更需要深度学习技术提供更强大的数据挖掘能力，来满足日益增长的蛋白质组大数据的解析需求。
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2.1 深度学习用于基于蛋白质组学策略的生物标志物筛选研究
深度学习可以用来对复杂多样的蛋白质组学数据进行深入的信息挖掘，An等[41]从已发表的259例血浆样本的质谱数据中，利用深度信念神经网络(deep belief network, DBN)进行阿尔兹海默症诊断标志物蛋白的筛选。经过深度学习的训练，发现了包含20个蛋白的标志物群，其诊断精度超过90%，并发现了ACRP30蛋白与阿尔兹海默症具有很强的相关性。在此项研究中，研究者还发现，采用深度学习方法，其模型准确度明显高于传统的机器学习方法如支持向量机、k最邻近算法及普通的反向传播神经网络。
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2.2 深度学习用于核酸结合蛋白预测
核酸(DNA或RNA)结合蛋白在细胞生物进程中发挥着重要作用[42,43,44]，当前已有众多生物化学及标记方法用于DNA及RNA结合蛋白的鉴定研究中[45,46,47,48,49]，但实验的精确度和鉴定规模仍存在诸多局限，急需其他方法予以补充。目前已经有计算方法利用蛋白质的部分性质，如结构域序列等进行DNA或RNA结合蛋白的预测，但精确度仍然较为有限。为了研究DNA或RNA结合蛋白的序列特征，Alipanahi等[50]利用深度学习方法从实验数据中进行学习，发展出了基于CNN的DeepBind方法，可用于预测蛋白序列的核酸结合特性。经过对此方法的评测发现，即使利用体外实验数据训练模型，而用体内实验数据进行验证，此方法所得结果的准确性仍远超当前其他预测方法。由DeepBind确定的蛋白结合位点的特异性甚至可作为权重指标，指示位点变异将如何影响其与特定序列的结合，为核酸结合蛋白的研究提供了有力的工具支持。另外，Zheng等[51]利用深度学习方法，基于Tensorflow框架进行RNA结合蛋白的预测，发展出Deep-RBPPred算法。此方法利用CNN训练RNA结合蛋白预测工具，取代其先前发表的RBPPred算法中的支持向量机算法[52]。在Deep-RBPPred中，作者利用蛋白质的一些理化性质如疏水性、极性、归一化的范德瓦尔斯体积、水溶性及侧链电荷性等去训练11层神经网络的权重，实现了RNA结合蛋白的高效预测。在未来，随着深度学习方法的改进以及大量生物学验证数据的支持，利用深度学习方法对未知结合蛋白及核酸结合序列的预测将会有非常光明的应用前景，为这一领域的发展提供强有力的生物信息学支持。
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2.3 深度学习用于蛋白质定位预测
真核生物蛋白质的亚细胞定位与其功能调控直接相关，由于现有实验技术和数据存在一定的局限性，通过生物信息学手段对蛋白质的定位进行预测是当前该领域的重要研究内容。目前已有许多机器学习方法被应用在蛋白质定位预测中，但这些方法往往依赖已知数据库信息，对于存在位点突变的蛋白及无同源信息的蛋白无法提供有效的定位信息。鉴于此，Armenteros等[53]利用RNN进行蛋白定位的预测。在他们的模型中，依据最新的uniprot蛋白数据库中的信息，利用RNN首先选取全蛋白序列，再进一步选取蛋白序列中对蛋白定位起重要作用的序列，使用经过实验验证的蛋白定位精确信息，进行模型训练，实现了出色的蛋白定位预测效果（膜蛋白及可溶性蛋白的预测准确度可达92%），远超过当前其他蛋白定位预测软件。
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3． 总结与展望
从上文中可以看到，近年来大量以深度学习为基础的分析方法在生物质谱及蛋白质组学领域得到广泛应用。在质谱解析领域，面临着自动化高精度解析的难点，如de novo研究向来是谱图解析领域研究难点，已存在的解析方法在精度及易用性上都无法满足要求，而以DeepNovo为代表的研究出现，预示着深度学习在谱图解析领域将给这一领域带来重大变革。当前，质谱技术发展飞快，新型技术如EThcD以及DIA的快速发展需要强大的数据分析方法的跟进，传统的数据解析手段往往依赖数据检索及手工辅助相结合，技术门槛较高并无法有效的对富含多维度信息的质谱数据进行有效解析，而深度学习方法可避免这些问题，其利用已知的数据标注信息，通过多层神经网络，提取信息特征，并能对未知数据进行有效的注释与解析。当前在图像处理方面，深度学习取得了一系列重大进步，而质谱成像领域则与之关系最为相近，有望在接下来的几年中借助深度学习在图像识别领域的发展而受益，进一步在临床检测中发挥越来越重要的作用。在蛋白质组学研究领域，深度学习已广泛应用到生物标志发现、核酸结合蛋白预测及蛋白定位研究中，丰富了这一系列领域机器学习的深度，得到了比传统机器学习更好的预测能力，也为这些领域的数据挖掘带来崭新的思路。
与传统的机器学习相比，深度学习的优点在于可通过多层神经网络，经过如梯度下降方法的参数优化，可自动从复杂的数据中学习，能适应不同种类、多种类型的数据，并得到出色的预测结果。不过需要注意的是，深度学习也存在一定的问题，比如建立起来的模型由于经过多个隐藏层的训练，内部结果不易解读，往往无法实现结果的有效呈现。另外，由于深度学习往往含多个隐藏层，训练模型运算量巨大，往往需要高性能图形处理器的辅助，对硬件规格要求较高。尽管面临一部分问题，但令人欣慰的是深度学习方法的飞速发展，越来越多更有效的新型算法层出不穷，极大丰富了深度学习的应用范围。而随着以 Tensorflow等多方开源平台的发展，以及大量互联网云服务的布局，使得深度学习的使用门槛越来越低，有利于将这一先进的数据处理方法应用到质谱相关的各学科领域。
随着质谱技术的高速发展，当前蛋白质学研究中蛋白序列测定发展迅速，但是由于翻译后修饰如糖基化、磷酸化等，其化学计量值相对较低，质谱响应弱，二级质谱图往往碎裂较差，往往无法对翻译后修饰进行有效的鉴定。先前大量的机器学习方法已应用到蛋白质翻译后修饰的预测中，也取得了一定的效果，而深度学习方法可更有效的利用先前大规模质谱数据，将进一步对蛋白质翻译后修饰的研究推波助澜，实现更精确的蛋白质翻译后修饰研究。同样，在蛋白结构解析等领域，伴随着以冷冻电镜为代表的技术对这一领域发展具有重大推进作用，将产生出越来越大量的数据信息，以此为资源，可进一步利用深度学习研究其他蛋白的结构信息。在蛋白质组学研究中，依据蛋白质组表达以及基因组、转录组联合分析用于肿瘤及其他疾病分子分型也是研究热点。传统的机器学习方法往往无法对数据进行有效的解读，而深度学习得益于其自身算法的普适性，并能对多种数据格式进行有效的处理，在多组学分子分型研究中将发挥越来越重要的作用。另外，在如蛋白间相互作用、核酸结合蛋白的研究以及生物标志物发现等领域，深度学习可利用先前大量的实验数据进行训练，以求更好的利用已知数据去预测未知的信息。但同时也需要注意到，深度学习往往需要巨大的样本量，并需要将数据进行精确标记以帮助深度学习更好的工作，这方面涉及到谱图解析及标注、疾病样本评估、蛋白质组学表达谱数据产出等，都需要多学科专业人才的辅助。因此，专业的科学工作者与深度学习算法团队的合作将是高效的研究模式。
近年来，随着生物质谱技术和相关定性定量方法的发展，为蛋白质组学研究注入了强大的活力，并逐渐产生出愈发庞大的数据规模，使得蛋白质组学研究进入了大数据时代。因此，如何对质谱产出的组学数据进行有效的数据挖掘并解读将会是未来这一领域的研究热点。传统的机器学习方法往往需要依赖先验知识，根据特定方式去提取数据特征，从以上应用实例可以看出，深度学习方法的发展，不仅越来越多的在生物质谱及组学数据处理中发挥作用，作为更高级的机器学习方法，深度学习所展现出的优异的数据挖掘及分析能力，必将在未来生命科学相关领域的研究中发挥更大的作用。
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Hu S, Xie Z, Onishi A, et al.Profiling the human protein-DNA interactome reveals ERK2 as a transcriptional repressor of interferon signaling. Cell, 2009, 139(3): 610-622.
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Qi L S, Larson M H, Gilbert L A, et al.Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression. Cell, 2013, 152(5): 1173-1183.
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Almagro Armenteros J J, Sonderby C K, Sonderby S K, et al.DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning. Bioinformatics, 2017, 33(21): 3387-3395.
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Progress in Biochemistry and Biophysics
请对稿件的总体水平做出评价(综述类稿件请从论文选题及内容的重要性与新颖性、学术参考价值、层次结构安排及有无重大科学错误等方面综合评价；研究报告类论文请从论文的理论应用价值、创新性、实验方法的可靠性及结论的合理性等方面综合评价)
稿件介绍了深度学习方法应用于生物质谱及蛋白组学的最新进展，介绍了深度学习在生物质谱领域的应用及深度学习在蛋白质组学研究方面的最新研究成果。稿件经修改后可读性大大提高，建议采用。
请具体指出稿件需要改进之处（包括实验设计、数据处理、分析讨论、术语使用、文字、图表、中英文摘要及参考文献）
回复：谢谢审稿专家的肯定。经过对图片重新导出，得到分辨率1200dpi的图片，并作为附件上传至系统中，谢谢。
回复：谢谢审稿专家的意见。我们已将图2中的英文标注翻译成中文，以让读者更清晰理解图中内容，并导出分辨率1200dpi的图片，并作为附件上传至系统中，谢谢。
请对稿件的总体水平做出评价(综述类稿件请从论文选题及内容的重要性与新颖性、学术参考价值、层次结构安排及有无重大科学错误等方面综合评价；研究报告类论文请从论文的理论应用价值、创新性、实验方法的可靠性及结论的合理性等方面综合评价)
基于神经网络的深度学习近来年在机器学习和大数据分析领域取得了重大突破，在围棋和多媒体数据处理等应用中获得显著优于传统算法的性能。目前，深度学习开始应用于质谱和蛋白质组数据分析，展现出了巨大的潜力。赵新元等人的综述论文对这方面的研究做了全面、及时的总结和探讨，对质谱和蛋白质组学研究领域具有很高的参考价值，建议修改完善后发表。
请具体指出稿件需要改进之处（包括实验设计、数据处理、分析讨论、术语使用、文字、图表、中英文摘要及参考文献）
“深度学习即机器学习中的神经网络方法”的说法并不确切，应该是多层神经网络。
回复：非常感谢审稿专家的意见，我们已在原文中将这一部分改正为“深度学习即机器学习中的多层神经网络方法”，并在稿件中标示出来。
给出卷积神经网络（CNN）和循环神经网络(RNN)的缩写后，后文应使用缩写，而不是全称。
回复：非常感谢审稿专家的意见，我们已在原文中将全称改成缩写。
“2016美国谷歌公司推出的AlphaGo”，应为2016年。
回复：非常感谢审稿专家对我们错误的提出，我们已在原文中改成“2016年美国谷歌公司推出的AlphaGo”，并在稿件中标示出来。
回复：非常感谢审稿专家的意见，关于循环神经网络，我们已在文稿中添加了参考文献。
引言部分应适当概述质谱和蛋白质组学中的机器学习问题，以及研究现状和不足，从而引出深度学习。质谱技术不建议介绍太细。
回复：非常感谢审稿专家的意见，我们在文稿中引言部分结尾段落概述了一些质谱和蛋白质组学中的机器学习问题，以及研究现状和不足，并在文稿中标示出来。另外，质谱技术方面我们做了适当删减，精炼了此部分内容。
长短期记忆循环神经网络与缩写(long short-term memory, LSTM)对应不上。另外，英文和缩写多次重复重现。
回复：非常感谢审稿专家的意见，经过查阅资料，long short-term memory目前普遍被翻译为“长短期记忆人工神经网络”，在文稿中我们做了更正，并标示出来，并在其后出现时用缩写表示。
“spectrum-CNN神经网络”等说法不恰当，NN本身已是神经网络的含义。RNN存在类似问题。
回复：非常感谢审稿专家的意见。对此，我们已在文稿中将“spectrum-CNN神经网络”更改为“spectrum-CNN部分”，RNN情况下也已在文稿中改正，并在文稿中标示出来。
从头测序部分，结构图2与正文中关于spectrum-CNN、ion-CNN和LSTM三个网络的关系的介绍似乎不一致。图2所示是通过ion-CNN网络学习了特征后传递到LSTM中，以及通过spectrum-CNN学习特征，但文中的解释是通过spectrum-CNN学得一般特征传递到LSTM中，以及在ion-CNN中学习特征。
回复：非常感谢审稿专家的意见。通过对文献的细节进行重新阅读，作者在原文中解释到Spectra are processed by the CNN spectrum-CNN and then used to initialize the LSTM network。因此，DeepNovo是使用spectrum-CNN的结果传递到LSTM，进而与ion-CNN一起进行肽段序列的预测。图2中所示的prefix应为spectrum-CNN的结果。进而通过对原作者的综述文章（Tran N H, Zhang X, Li M. Deep Omics. Proteomics, 2018, 18(2): 1700319.）进行阅读，发现其对DeepNovo的解释为“In this model, the first convolutional neural network, ion-CNN, learns local alternative peak features of all possible next amino acid candidates, given the currently predicted partial peptide. The second convolutional neural network, spectrum-CNN, learns general features of the spectrum and passes them to the LSTM network. The LSTM learns sequence patterns of the currently predicted partial peptide in association with the spectrum.” 为避免混淆，我们在文稿中进一步对这一部分做解释，指出图2中prefix lookup部分为spectrum-CNN的结果，以免读者混淆。这些更改已在文稿中标示出来。
图2，标题首字母应大写。inDeepNovo缺空格。
回复：非常感谢审稿专家指出我们文档编辑中的错误，我们已在文稿中改正，并标示出来。
质荷比缩写m/z应在中文第一次出现时给出。
回复：非常感谢审稿专家的意见，在第一次m/z出现时，我们给出其代表的意义“质荷比”，并在文稿中标出出来。
“改进的循环神经网络(bidirectional long short-term memory, BiLSTM)”，中英文对不上。
回复：非常感谢审稿专家的意见，对于bidirectional long short-term memory，准确的翻译应该为双向长短时记忆循环神经网络，我们已在文稿中改正并标示出来。
回复：非常感谢审稿专家的意见，我们对文稿中仅第一次出现的MALDI作了全拼解释，后文中出现时仅用MALDI代替全称。
保留时间预测中的肽段特征提取，与色谱质谱的肽段特征提取，用了相同的“肽段特征提取”一说，但含义是完全不同的，建议修改其中一种说法，避免混淆。
回复：非常感谢审稿专家的意见。为避免混淆，我们将色谱质谱中的肽段特征提取改为“肽段色谱及质谱性质提取”，以求意义更加明确，避免读者混淆。更改部分已在文稿中标示出来。
质谱数据与蛋白质组数据的划分的依据是什么？关于肽段质荷比、强度、保留时间信息的特区部分，似乎归为质谱数据处理更合适。
回复：非常感谢审稿专家的意见。本文中，质谱数据主要关注谱图解析方面，如肽段的从头测序，碎片预测等。我们在文稿中已将关注肽段质荷比、强度、保留时间信息对应的章节归类到质谱数据处理中，作为1.3章节，并在文稿中标示出来。
部分参考文献格式不对，例如 [38]、[39]
回复：非常感谢审稿专家的意见，对于这部分参考文献，我们重新修改其引用格式，并在原文中标示出来。
作者详细介绍了深度学习方法应用于生物质谱及蛋白组学的最新进展，并在以生物质谱为基础的蛋白质组学新技术的开发与应用方面开展过大量的工作。作者重点介绍了深度学习在生物质谱领域的应用及深度学习在蛋白质组学研究方面的最新研究成果，对国内外相关研究有较为深入的了解。但是文章对成果评论欠缺，也没有指出进一步研究方向，因此该综述文章仅能作为学习之用。建议增加对所列成果的评论并提出可进一步研究的问题及解决问题的设想。
回复：非常感谢审稿专家的意见。在稿件中第三部分，我们将标题改为总结与展望，对以上使用深度学习方法解决生物质谱及蛋白质组学问题的成果进行了评述。针对自身对这一领域的理解，在这一部分提出一些生物质谱及蛋白质组学研究中可能遇到的问题，并展望利用深度学习如何进行质谱及蛋白质组学研究。所加内容已在文稿中标示出来。
我们非常荣幸将综述稿件《深度学习方法在生物质谱及蛋白质组学中的应用》投稿至生物化学与生物物理进展。稿件简要综述了深度学习方法应用于生物质谱及蛋白组学的最新进展，为从事相关领域的研究人员提供深度学习在本学科应用的基础介绍。本课题组长期致力于以生物质谱为基础的蛋白质组学新技术的开发与应用，尤其是在蛋白质组学新材料开发、蛋白翻译后修饰研究中取得一系列高水平研究成果。已发表的代表型论文如下：
Bai H, Fan C, Zhang W, et al. A pH-responsive soluble polymer-based homogeneous system for fast and highly efficient N-glycoprotein/glycopeptide enrichment and identification by mass spectrometry. Chem Sci, 2015, 6(7): 4234-4241.
Feng D, Tian F, Qin W, et al. A dual-functional lanthanide nanoprobe for both living cell imaging and ICP-MS quantification of active protease. Chem Sci, 2016, 7(3): 2246-2250.
Peng C, Zhu Y, Zhang W, et al. Regulation of the Hippo-YAP Pathway by Glucose Sensor O-GlcNAcylation. Mol Cell, 2017, 68(3): 591-604.e595.
Ding C, Jiang J, Wei J, et al. A fast workflow for identification and quantification of proteomes. Mol Cell Proteomics, 2013, 12(8): 2370-2380.
Jia W, Lu Z, Fu Y, et al. A strategy for precise and large scale identification of core fucosylated glycoproteins. Mol Cell Proteomics, 2009, 8(5): 913-923.
北京工业大学 生命科学与生物工程学院，北京 100022；
蛋白质组学国家重点实验室，北京蛋白质组研究中心，国家蛋白质科学中心（北京），军事医学研究院生命组学研究所 北京 102206
E-mail: qianxh1@163.com
aunp_dna@126.com
深度学习方法在生物质谱及蛋白质组学中的应用
赵新元1），秦伟捷2），钱小红2）
（1）北京工业大学 生命科学与生物工程学院，北京 100022；
（2） 蛋白质组学国家重点实验室，北京蛋白质组研究中心，国家蛋白质科学中心（北京），军事医学研究院生命组学研究所，北京 102206
深度学习是近年来机器学习领域最热门的研究方向，尤其是在图像及语音识别、自然语言处理、自动驾驶等方面取得了突破性进展。生物质谱是当今生命科学领域重要的研究工具，尤其在蛋白质组学、代谢组学、生物制药等领域发挥着关键作用。近年来，基于深度学习方法的发展，以生物质谱为核心的蛋白质组学大数据分析将迎来发展新契机。本文综述了深度学习方法在生物质谱数据解析及蛋白质组学研究方面的最新应用。关键词：深度学习；生物质谱；蛋白质组学；大数据
Application of Deep Learning in Biological Mass Spectrometry and Proteomics
ZHAO Xin-yuan1), QIN Wei-jie2), QIAN Xiao-hong2)
(1) College of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100124, PR China.
(2) National Center for Protein Sciences Beijing, State Key Laboratory of Proteomics, Beijing Proteome Research Center, Beijing Institute of Lifeomics, Beijing 102206, PR China
深度学习属于机器学习方法中的一种，其结构框架往往类比人类大脑，由大量神经元构成多层结构。作为机器学习领域的一个重要研究方向，深度学习近年来受到越来越多的关注。随着新型算法的快速开发以及以英伟达公司(NVIDIA Corporation)为代表的图形处理器硬件产业的飞速发展，深度学习的研究成井喷之势，尤其是在图像识别、自然语言处理及自动驾驶方面取得了多个重大突破。深度学习即机器学习中的多层神经网络方法，主要结构包括输入层、隐藏层及输出层。图1示意了深度学习方法的基本结构。深度学习通过使用如反向传播算法等来发现大型数据中的复杂结构，以指示算法内部应如何优化其内部参数，经过模型参数的层层优化，从而提高数据处理的准确度[1,2]。按照神经网络隐藏层间关系，目前各学科领域主要使用两种神经网络结构为卷积神经网络（Convolutional Neural Network, CNN）和循环神经网络(Recurrent Neural Network, RNN)。除此以外，亦有其他一些神经网络模型，如自动编码机、受限玻尔兹曼机及深度信念神经网络等。其中，CNN在设计之初主要用于处理具有类似网格状结构的数据类型，例如传统的图片格式，其包括了对应像素的三颜色通道中的像素强度信息。CNN主要有两种类型网络层，即卷积层与池化层。其中，卷积层用来提取数据的各种特征，可以使得模型在保留数据之间关系的同时大大降低参数数量，而池化层可以对提取到的特征进行抽象并降维处理，从而减少训练参数。通过使用如反向传播算法进行模型训练后，CNN可以对网格状数据进行有效地理解并进行诸如图片分类、语音识别及自动驾驶等任务。CNN最早由Yann LeCun[3]提出并应用在手写字体识别上，继而在处理图像、视频、语音和音频方面取得了突破。其中，2016年美国谷歌公司推出的AlphaGo[4,5]即采用了CNN结合蒙特卡洛搜索树算法，一举击败了韩国九段围棋高手李世石，使得深度学习这一概念走进普通大众的视野。RNN是另一种常见的深度学习架构，其从输入层得到信息后，会在隐藏层传递过程中包含上一层信息，实现信息的隐藏性传递，使得下一层单元中包含之前所有层的信息，从而使得模型更适合处理语言文字一类前后关联的数据类型[1]。因此，RNN在连续及关联数据如文本和语音类型数据中应用广泛。
质谱(Mass spectrometry)是当前蛋白质组学研究中的核心技术，其分析能力近十几年来飞速发展[6,7]。从电离技术上区分，当前的生物质谱主要分为基质辅助激光解吸附电离[8](matrix assisted laser desorption/ionization, MALDI)和电喷雾电离[9](electrospray ionization, ESI)两种方式。得益于电喷雾电离质谱在肽段二级谱图获得上的高通量优势，高效液相色谱串联电喷雾电离质谱的分析方式成为蛋白质组学研究的主要工具[10,11,12]，其产出的生物质谱数据主要包括一级母离子谱图及二级碎片离子谱图，亦有针对特定分析需求而采取的三级及以上离子碎裂的质谱采集方式[13,14]，但总体比较少见。二级质谱图为质谱中特定母离子经过如碰撞诱导碎裂(CID,HCD)或电子转移诱导碎裂(ETD)后产生的碎片离子图，这些二级谱图可用于对应肽段的序列鉴定[15]。目前蛋白质组学中常用的数据检索方法为数据库依赖的检索方法，以Mascot、Maxquant、Sequest等搜索引擎为代表[16]，将二级谱图中的碎片信息与数据库中蛋白肽段序列所能产生的理论碎片进行比对，通过一系列数据统计分析，得到检索结果。
尽管近年来以生物质谱为核心的蛋白质组学技术飞速发展，但在一些特定质谱数据的分析中仍面临巨大挑战，如面对蛋白数据库中未收录蛋白以及抗体药物的序列测定，现有以数据库检索方式为主的数据解析方法束手无策。另外，传统的数据分析方法在质谱中肽段碎裂规律研究及肽段理化性质预测方面也无能为力。当前，机器学习是数据挖掘中重要的研究方法，在当前各学科发挥着重要作用。机器学习分为监督式学习及无监督式学习，常见的方法有线性回归、逻辑回归、决策树、支持向量机、朴素贝叶斯、K邻近算法、随机森林、人工神经网络等一些算法。在质谱及蛋白质组学领域，机器学习发挥着重要作用，如蛋白质组学常用的如k-means方法等的聚类方法，则是一种无监督式学习方法，可将样本依据蛋白质学数据特征分类成特定组群，或者通过聚类找到功能差异相似基因。另外，在蛋白质结构预测、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相互作用网络等领域，亦有大量的基于机器学习方法的出现，为生物学功能研究提供重要的参考价值。近年来得益于计算机硬件及深度学习算法的飞速发展，生物医药领域已经有大量的使用深度学习的实例出现[17,18]。深度学习相比传统的机器学习方法，可包含众多隐藏层及非线性变换，能更有效的解读质谱及蛋白质组学数据中复杂的关系，具有比传统机器学习方法更有效的数据解读能力，从一开始出现就引起这一领域的高度关注，国内外众多课题组也开始将这一最新的数据分析方法应用到蛋白质组学中，既有关于质谱数据的分析，亦有对蛋白功能、细胞定位的预测等，均得到了良好的效果。
本文简要综述了深度学习方法应用于生物质谱及蛋白组学的最新进展，并对这些进展做简要的总结，并进一步展望深度学习方法在未来生物质谱及蛋白质组学领域的应用前景，以期为从事相关领域的研究人员提供深度学习在本学科应用的参考。
![图2
DeepNovo用于肽段de novo从头测序示意图[24]](html/pibbcn/20180165/media/eaba5418-6534-44d2-962d-864824c54bde-image002.png)
