摘要:转录组和蛋白质组比较研究发现，总体而言其间的相关性不高 . 根据数据的类型不同可以将现有的研究分为 4 类：单点比较、两点差异比较、多点时序比较和多点非时序比较 . 对其差异原因的研究和分析表明：除了由实验系统及数据类型不同导致的差异外，转录后蛋白质合成各步骤所受到的限制，以及在此过程中的分子调控也对其有重要的影响；而且不同基因，不同组织和细胞在不同状态下可能也会有差异 . 因此，结合转录组和蛋白质组的表达谱研究倾向于利用蛋白质组和转录组研究的差异和互补性，同时对生物体特定状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位度量，以获得表达谱的全景图，并挖掘受到转录后调控的基因 .

摘要:调节性 T 细胞是目前免疫学领域研究的热点，对于维持机体免疫耐受和免疫应答稳态具有非常重要的作用 . 对其发育和功能机制的深入认识，不但有助于了解错综复杂的免疫系统理论，而且在自身免疫性疾病、肿瘤和艾滋病的治疗以及移植耐受的诱导等方面具有广泛的应用前景 . 最近的研究发现，转录因子 Foxp3 对于调节性 T 细胞的发育具有重要的作用，是调节性 T 细胞发育的一个关键转录因子 .

摘要:获得具有高分辨率的蛋白质晶体是目前蛋白质结构测定的主要瓶颈 . 蛋白质结晶受很多因素影响，蛋白质自身是结晶时最重要的变量，可以说，蛋白质的内在特性在某种程度上决定了其能否结晶以及所得晶体分辨率的高低 . 近年来分子生物学尤其是蛋白质工程的应用有效地提高蛋白质的溶解度、均一性及可结晶性等内在特性，促进蛋白质的结晶，成为提高蛋白质结晶能力和蛋白质晶体分辨率的有效途径 .

摘要:为进一步探讨大肠杆菌血脑屏障侵袭基因 ibeB 的生物学特性，将 ibeB 基因克隆至真核表达载体，采用稳定转染的方法，对 ibeB 基因在 HeLa 细胞中的表达所产生的影响进行了研究 . 结果发现：经 ibeB 基因稳定转染的 HeLa 细胞向外周伸展，细胞骨架的组分———微丝发生了重新排布，形成了明显的片状伪足，细胞周边形成较多的膜皱褶结构；细胞对底物的粘附能力和伸展能力显著增强；细胞的粘着斑标志性蛋白 Vinculin 表达增强 . 这些结果为研究片状伪足的形成机制提供了模型 .

摘要:极端嗜热古菌———芝田硫化叶菌 DNA 连接酶 (Ssh 连接酶 ) 的最适辅因子为 ATP ，在 dATP 存在时，该酶也能表现出较弱的连接活性 . ATP 或 dATP 都能够使该酶发生腺苷化，腺苷化的 Ssh 连接酶能够将腺苷基团转移至含切刻的 DNA 上 . 电泳迁移率改变实验表明， Ssh 连接酶能够结合双链 DNA ，且与含切刻及不含切刻的 DNA 结合的亲和力相同，但不结合单链 DNA. 酵母双杂交实验显示，硫磺矿硫化叶菌 ( 与芝田硫化叶菌亲缘关系很近 ) 的 DNA 连接酶，与该菌所含的 3 个增殖细胞核抗原 (PCNA) 同源蛋白中的一个 (PCNA-1) 有相互作用，而与另外 2 个同源蛋白 (PCNA-like 和 PCNA-2) 则无相互作用 . 在古菌中高度保守的 Sac10b 蛋白家族成员 Ssh10b 能够激活 Ssh 连接酶的活性，而硫化叶菌中的主要染色体蛋白——— 7 ku DNA 结合蛋白 (Ssh7) 则对该酶活性没有影响 .

摘要:以牛分枝杆菌 Vallee111 染色体 DNA 为模板，以 MPB63 成熟蛋白基因特异性引物进行 PCR 扩增，获得约 400 bp 的 DNA 片段 . 通过 T-A 克隆技术，将 PCR 产物克隆至 pGEM-T Vector 中，成功地构建出克隆载体 pGEM-T-63. 以 BamH Ⅰ和 EcoR Ⅰ双酶切 pGEM-T-63 和 pET28a(+) ，并将纯化的 MPB63 基因亚克隆至 pET28a (+) 中，构建出原核表达载体 pET28a-63. 将 pET28a-63 转化至感受态 E.coli BL21(DE3) 中，经 IPTG 诱导和 SDS- 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，可见约 18 ku 外源蛋白带 . 蛋白质印迹分析发现，该蛋白质具有牛分枝杆菌抗原性，从而为进一步研究 MPB63 的亚单位疫苗及 DNA 疫苗奠定基础 .

摘要:采用抑制消减杂交技术 (suppression subtractive hybridization ， SSH) ，以 SD 大鼠为实验材料，选取妊娠过程中植入前期 ( 第 5 天， D5) 和分娩前期 ( 第 19 天， D19) 子宫分别作为驱动方 (driver) 和实验方 (tester) ，进行抑制消减杂交，获得的消减文库经差异筛选得到 70 个阳性克隆 . 序列测定和同源对比分析表明，这些克隆所代表的基因在大鼠基因库中分别与 8 个已知基因有 90 ％～ 100 ％不等的同源性 . 这些基因均差别表达于分娩前期子宫组织中，其中首次发现尿鸟苷蛋白和干扰素诱导蛋白 16 在 SD 大鼠妊娠子宫中有表达 . RT-PCR 及半定量分析显示，尿鸟苷蛋白基因在妊娠第 19 天子宫中的表达显著高于妊娠第 5 天 (P < 0.001) ，而干扰素诱导蛋白 16 差异表达不明显 . 在妊娠 D6 、 D9 和 D12 的子宫中尿鸟苷蛋白基因自胚泡植入后其表达逐渐上升，妊娠 D15 下降，在妊娠 D19 表达量最高 . 结果提示特异表达的尿鸟苷蛋白基因可能与分娩有关 .

摘要:从人肺 cDNA 文库中克隆到人类β 3- 半乳糖基转移酶家族中的一个新成员β 3GalT7 (AY277592 ， EC2.4.1.-) ，并对其进行了鉴定 . 该基因定位在人类染色体 19q13.2. 它包含一个 1 191 bp 的开放阅读框 (ORF). 编码的蛋白质包括一个信号肽和一个半乳糖基转移酶结构域，分子质量和等电点分别为 43.3 ku 和 8.37. 从原核表达中获得的融合蛋白的分子质量和预测相符 . RNA 印迹杂交显示β 3GalT7 在肺、喉和回肠组织中高表达，而在舌、乳房、子宫、睾丸等组织中表达较低 . 此外半定量 RT-PCR 显示β 3GalT7 在人类不同的肿瘤细胞中转录水平有明显差异 .

摘要:用甲睾酮片饲喂 2 ～ 4 龄赤点石斑鱼 (Epinephelus akaara) ， 6 周后 90% 以上的雌鱼性逆转为功能性雄鱼 . 运用抑制性差减杂交技术 (SSH) ，结合 SMART cDNA 合成和 RACE-PCR 方法，从性反转雄鱼性腺中克隆到钙调蛋白基因 (ECaM). 该基因 cDNA 全长为 582 bp ，开放阅读框长 450 bp ，编码的蛋白质由 149 个氨基酸组成， 5 ′端非编码区 74 bp ， 3 ′端非编码区 58 bp. 虚拟 RNA 印迹表明， ECaM 在性反转雄鱼性腺中表达，而在正常雌鱼性腺中表达微弱 . 各种组织的半定量 RT-PCR 显示， ECaM 在脑、心、肝、脾、肾都有转录，在精巢和下丘脑中表达水平较高，而在肌肉中表达甚弱 . 性反转不同时期性腺的半定量 RT-PCR 及蛋白质印迹表明，性逆转过程中性腺里 ECaM 的表达量逐渐增加 . 上述结果提示钙调蛋白可能在赤点石斑鱼性逆转过程中发挥着作用， ECaM 可能是促使石斑鱼由雌向雄转变的重要功能基因之一 .

摘要:人 Ⅹ型磷脂酶 A2 在大肠杆菌中的表达产物完全以不溶的包涵体形式存在 . 用以前适用于人胰型 (IB 型 ) 磷脂酶 A2 的稀释重折叠方法，并不能使它有效重折叠 . 以初步纯化的包涵体为对象，发现溶液的温度、 pH 值和蛋白质浓度对 Ⅹ 型磷脂酶 A2 体外重折叠有很大的影响 . 研究了一些小分子化合物对 Ⅹ 型磷脂酶 A2 ，在高蛋白质浓度 (1 g/L) 下重折叠的影响，发现 1 mol/L 的 L- 精氨酸能提高其重折叠效率达 6 倍多 . L- 精氨酸的结构类似物 L- 瓜氨酸对 Ⅹ 型磷脂酶 A2 的重折叠有较弱的改善，而 L- 赖氨酸和 L- 精氨酸甲基酯则降低了 Ⅹ 型磷脂酶 A2 的活性恢复 . 结果表明 ， L- 精氨酸对蛋白质重折叠的帮助作用，可能是通过精氨酸与折叠中间物的结合产生的，精氨酸的胍基和羧基都是必需的，其侧链胍基以其特殊的带电方式阻遏了重折叠过程中的积聚和分子间二硫键形成的反应 .

摘要:荧光各向异性度 (fluorescence anisotropy) 测量可以获得荧光分子的转动速度信息，进而了解分子质量、结构、以及与周边环境的相互作用情况 . 围绕一台双光子激发扫描荧光成像系统，通过改变外光路和图像记录与处理程序，从而实现了双光子激发荧光各向异性度成像，并针对一些典型样品和体系，展示了该方法的应用 . 实验中观察了 FITC 荧光分子、 FITC 结合的 CD44 抗体分子及与肿瘤细胞表面受体结合的 FITC-CD44 抗体分子 . 测量结果表明，不同分子质量、不同微观环境状态下的荧光分子，其各向异性度大小不同，在各向异性度图中能够被明显区分 . 荧光各向异性度成像能够定量测量样品微区的各向异性度值，并以二维图像的形式直观表达，是各向异性度测量与成像技术的良好结合 .

摘要:钾离子的通透率至少比钠离子的通透率大 10 000 倍，这个问题至今没有很好地解决 . 为了在分子水平阐释钾离子通道的选择性机制，以 KcsA 钾通道 X 射线衍射结构为基础，采用密度泛函理论计算了不同离子在离子通道中的位能 . 计算结果表明， Rb⁺ 离子具有与 K⁺ 离子相类似的位能曲线，但是其在通透过程遇到的位垒要比 K⁺ 离子的位垒高，因而所对应的通透率也就小于钾离子的通透率，而钠离子的的通透率仅仅是钾离子通透率的 0.0067%. 文中所涉及的系统仅仅包含 269 个原子，而用分子动力学虽然也可以得到相近的结果，但是它的系统大小为 41 000 个原子 .

摘要:STAT3 对细胞的生长、存活、增殖以及机体的发育都具有重要的作用 . STAT3 基因的失活可以引起多种疾病，而 STAT3 基因的过度激活又可以引发很多癌症 . 为了对 STAT3 信号通路的调控做进一步的研究，采用酵母双杂交的方法，以 STAT3 蛋白全长作为诱饵蛋白，筛选了小鼠 7 天的胚胎文库 . 得到了与 STAT3 相互作用的一个功能未知的蛋白质，将其命名为 SIPAR (Stat3 interacting protein as a repressor). 免疫染色的实验结果表明， SIPAR 是一种在核内分布为主，细胞质中也有少许分布的蛋白质 . 荧光酶活性测定结果表明 SIPAR 对 STAT3 的转录活性具有抑制作用 . 斑马鱼注射实验说明 SIPAR 基因表达严重影响了斑马鱼的正常发育 .

摘要:肿瘤靶向分子的筛选一直是肿瘤治疗和早期诊断的研究热点 . 表皮生长因子受体 (EGFR) 在很多肿瘤细胞表面过量表达，是一个理想的药物输送靶点 . 选择了 EGFR 表面不同于表皮生长因子 (EGF) 结合位点的一个凹陷部位作为计算机模拟筛选的结合位点，然后使用 DOCK 软件包对 DTP-Plated 有机小分子数据库进行了两遍筛选，最后选择了 7 个有机小分子作为可能的靶向分子 . BIAcore 体外结合实验对所选择的小分子样品进行了进一步的验证，结果表明，小分子 NSC51186 能特异地与 EGFR 结合 . 小分子 NSC51186 和 EGFR 之间的动力学常数也得到进一步的测定 . 新的靶向分子和药物、纳米粒子或者基因载体相连，将有可能用于靶向于 EGFR 的肿瘤治疗和诊断 .

摘要:随着后基因组时代的到来，批量的测序，特别是 EST 的测序，逐渐成为普通实验室的日常工作 . 这些新的序列往往需要进行批量的 Gene Ontology (GO) 的注释及随后的统计分析 . 但是目前除了 Goblet 以外，并没有软件适合对未知序列进行批量的 GO 注释，而 GoBlet 因为具有上载量的限制，以及仅仅利用 BLAST 作为预测工具，所以仍有许多不足之处 . 开发了一个软件包 GoPipe ，通过整合 BLAST 和 InterProScan 的结果来进行序列注释，并提供了进一步作统计比较的工具 . 主程序接收任意个 BLAST 和 InterProScan 的结果文件，并依次进行文本分析、数据整合、去除冗余、统计分析和显示等工作 . 还提供了统计的工具来比较不同输入对 GO 的分布来挖掘生物学意义 . 另外，在交集工作模式下，程序取 InterProScan 和 BLAST 结果的交集， 在测试数据集中，其精确度达到 99.1% ，这大大超过了 InterProScan 本身对 GO 预测的精确度，而敏感度只是稍微下降 . 较高的精确度、较快的速度和较大的灵活性使它成为对未知序列进行批量 Gene Ontology 注释的理想的工具 . 上述软件包可以在网站 (http://gopipe.fishgenome.org/ ) 免费获得或者与作者联系获取 .