摘要:固有免疫系统是宿主抵御病毒入侵的第一道防线．Ⅰ型干扰素是关键的抗病毒细胞因子，它在细胞建立抗病毒状态的过程中发挥了核心的作用．Ⅰ型干扰素的诱导表达是固有免疫的重要调节与效应机制．已有的研究表明：多种转录因子(NF-kappa B、ATF-2/c-Jun、IRF3、IRF7)通过在Ⅰ型干扰素的转录调控区形成稳定的转录增强复合物(enhanceosome)，迅速并大量地诱导Ⅰ型干扰素表达．体内与体外的生物学分析已确立，干扰素调控因子3 (IRF3)是介导细胞表达Ⅰ型干扰素最关键的转录因子，其转录活力与生物学功能直接影响细胞的抗病毒的能力．近年来，IRF3相关的细胞信号转导与调控机制等研究取得重大进展．围绕IRF3的结构、功能以及分子调控机制等方面，概述相关的研究进展，并做前沿展望．

摘要:综述了microRNA和lncRNA在一些神经退行性疾病病理生理中的作用机制．随着社会生产的发展，人类文明的进步，人口日益老年化，神经退行性疾病正在全球范围内流行，严重地危害着人类的健康．尽管长期的研究使人们对神经退行性疾病有了比较全面和深入的了解，但是其背后隐藏的发病机制仍然是个谜．人类基因组约98%的转录产物为非编码RNA(ncRNA)，在生命活动中有着许多鲜为人知的广泛而多样性的生物功能．小分子RNA(microRNA)是研究得相对比较深入的一类小ncRNA，最近2～3年，长非编码RNA(lncRNA)受到人们的重视，已积累了一些相关研究成果．

摘要:随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展，RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段．RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战．有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析，成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键．以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例，在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上，对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述，并对其中有待进一步研究的问题进行展望．

摘要:利用半定量RT-PCR、免疫组化和Western blotting的方法，同时从mRNA水平和蛋白质水平对过敏毒素受体(C3aR)在不同病理阶段的2型糖尿病肾病模型小鼠——db/db小鼠肾脏中的表达情况进行了较为系统的分析．结果发现：a．在糖尿病前的db/db小鼠(4周龄的db/db小鼠)，C3aR与作为正常对照的db/m小鼠相比没有明显差异．随着肥胖的加剧，高血糖、蛋白尿的发生和发展，C3aR在db/db小鼠肾脏中的表达显著升高．b．免疫组化分析显示，C3aR广泛地表达于db/m和db/db小鼠肾脏的皮质和髓质，分布于肾脏的上皮细胞中(包括肾小管上皮细胞、肾小球中的脏层上皮细胞(足细胞)和壁层上皮细胞)．从部位来看，皮髓交界处的肾小管中C3aR表达量明显要比其他部位的多．在肾小球，C3aR特异地存在于足细胞部位．在db/m小鼠，不同周龄小鼠肾脏中C3aR的表达量并没有明显变化，但在db/db小鼠，从8周龄开始，分布在db/db小鼠肾小管上皮细胞和小球足细胞中的C3aR均随小鼠周龄的增加而增加，至少在时间上，与小鼠糖尿病肾病的发生发展相关，其中尤以足细胞中和皮髓交界处肾小管上皮细胞中的变化最为明显． c．在糖尿病肾病小鼠中高表达C3aR的肾小管上皮细胞常有空泡变性的情况．上述工作印证了先前对2型糖尿病肾病患者肾小球基因表达谱的分析结果，更加明确了C3aR与糖尿病肾病的相关性，同时揭示了C3aR在正常小鼠和糖尿病肾病小鼠肾脏中的表达、分布和变化规律，有利于进一步揭示C3aR的功能及其在糖尿病肾病发生、发展过程中的可能作用，探讨糖尿病肾病的分子机制．

摘要:c-Myc是一种泛在性的转录因子，它调控着许多涉及细胞增殖、分化、凋亡等生命活动的基因．实验结果表明在骨肉瘤细胞U2OS中过表达c-Myc和Nbs1都能减弱阿霉素降低集落形成的能力．进一步的实验证实c-Myc的这种作用与Nbs1有关，Nbs1是c-Myc的靶基因．染色质免疫沉淀实验显示，c-Myc招募组蛋白乙酰化酶p300复合物到Nbs1启动子区，引起了组蛋白H4的乙酰化，定位在Nbs1启动子区的相邻的两个E-box对c-Myc的结合是必要的．上述结果说明c-Myc减弱阿霉素的作用部分是通过调控Nbs1来实现的．这也提示了c-Myc在阿霉素诱导的DNA损伤修复中起作用．

摘要:为了探讨三维培养状态下人肝癌细胞的生物学特征和转移潜能，利用旋转壁式生物反应器(rotating wall vessel, RWV)结合生物支架材料，将高转移性人肝癌细胞(MHCC97H)成功地构建成一种新的转移性人肝癌类组织体模型，针对肝癌细胞的临床病理特征，一系列体外和体内实验包括组织形态、显微结构、蛋白质产生和分泌、葡萄糖代谢、组织特征基因表达、细胞的生长和凋亡，以及在裸鼠中的成瘤性和转移性等对模型进行检测评估，结果均显示，该模型能较好地模拟转移性人肝癌组织的病理特征，且优于单层培养的人肝癌细胞，该模型可能对肝癌转移分子机制探讨、抗癌药物筛选以及肝癌动物模型建立产生积极的推动，同时也表明肝细胞癌(HCC)细胞的立体形态结构对维持肝癌细胞生物学功能十分重要．

摘要:引起人类呼吸道感染的冠状病毒已多达5种．冠状病毒与宿主相互作用决定了其致病性和免疫特性．冠状病毒感染后宿主会立即启动抗病毒天然免疫反应，而人类冠状病毒往往会编码特定蛋白逃逸或抑制宿主的天然免疫反应．NL63冠状病毒是一种新型人类冠状病毒，其非结构蛋白nsp3编码2个木瓜样蛋白酶(PLP)核心结构域PLP1和PLP2．前期研究发现，人类冠状病毒PLP2是一种病毒编码的去泛素化酶(DUB)，但是对其DUB特性和功能还不清楚．研究发现，NL63冠状病毒PLP1和PLP2两个核心结构域中只有PLP2具有DUB活性，而且，PLP2的DUB活性对K48和K63连接的多聚泛素化修饰不表现明显特异性．同时，蛋白酶活性催化位点C1678和H1836突变后对其DUB活性有明显抑制作用，而蛋白酶活性催化位点D1849突变后对DUB活性无影响．其次，PLP2而非PLP1核心结构域能够明显抑制仙台病毒和重要信号蛋白(RIG-I、ERIS/STING/MITA)激活的干扰素表达，表明PLP2是一种冠状病毒编码的干扰素拮抗剂，而且PLP2的干扰素拮抗作用不完全依赖其蛋白酶活性．机制研究表明，PLP2能够与干扰素表达通路中的重要调节蛋白RIG-I和ERIS发生相互作用，通过对RIG-I和ERIS的去泛素化负调控宿主抗病毒天然免疫反应．此外，PLP2除利用DUB活性抑制干扰素表达外，很可能存在不依赖自身催化活性的其他组分共同抑制干扰素的产生．以上研究对阐明人类新发冠状病毒免疫和致病机理以及抗病毒药物研发具有重要参考价值．

摘要:为探讨Daxx对氧化型低密度脂蛋白(oxidized low-density lipoprotein，Ox-LDL)诱导巨噬细胞胆固醇蓄积和凋亡的介导作用及其可能的分子机制，用高效液相色谱法检测细胞内胆固醇含量，油红O染色观察细胞内脂滴的形成情况，流式细胞术和吖啶橙/溴化乙锭(AO/EB)染色法研究Ox-LDL对细胞凋亡的影响，Real time RT-PCR检测细胞内Daxx mRNA的表达水平，Western blot检测caveolin-1蛋白的表达，用特异性siRNA沉默Daxx在RAW264.7 细胞中的表达．Ox-LDL上调Daxx mRNA和caveolin-1的表达、增加细胞内胆固醇含量、促使RAW264.7细胞凋亡，用特异性siRNA干扰Daxx在RAW264.7细胞中的表达能降低caveolin-1的表达、减少细胞内胆固醇含量、以及抑制细胞凋亡．上述结果表明，Daxx对Ox-LDL诱导RAW264.7巨噬细胞胆固醇蓄积和凋亡具有介导作用，这一作用可能与Daxx上调caveolin -1的表达有关．

摘要:研究ABCE1对肺癌(95-D和 NCI-H446)细胞的作用．使用RNA干扰技术，抑制ABCE1基因的表达，通过Western blot 分析及FACS检测，观察ABCE1基因对E-钙黏附蛋白在95-D/NCI-H446细胞表达的影响；运用transwell 侵袭实验，观察M95-D/ NCI-H446细胞侵袭力的变化．RNA干扰ABCE1基因后，实验组与对照组相比，在48 h后可显著抑制肺癌(95-D和 NCI-H446)细胞ABCE1蛋白的表达，同时，伴随E-钙黏附蛋白的高表达，以及细胞侵袭力的降低． ABCE1基因与E-钙黏附蛋白相关，抑制ABCE1基因可增加肺癌95-D/NCI-H446细胞的E-钙黏附蛋白的表达，减低细胞的侵袭力．

摘要:原钙黏附蛋白18b(Protocadherin18b，Pcdh18b)属于钙黏附蛋白家族成员．为了研究pcdh18b基因抑制对斑马鱼神经系统发育的影响，针对pcdh18b的翻译起始位点设计一个吗啡啉修饰的反义寡核苷酸抑制其表达，在斑马鱼受精卵一到二细胞期注射并且验证其有效性．注射后用原位杂交和吖啶橙染色检测神经系统的表型和标志基因的表达．pcdh18b下调使神经前体细胞的标志基因neurog1、神经元标志基因elavl3和神经胶质细胞标志基因gfap的表达均出现下调，中后脑边界的标志基因pax2a和wnt1表达减弱并出现神经管分叉现象，同时与后脑分节相关的基因krox20表达减少．吖啶橙染色显示pcdh18b下调后斑马鱼中脑、后脑及中后脑边界细胞凋亡增多．这些结果表明pcdh18b抑制导致了斑马鱼神经系统发育的异常．

摘要:采用分子对接，分子动力学(MD)模拟和分子力学/泊松-波尔兹曼溶剂可有面积方法与分子力学/广义伯恩溶剂可及面积方法(MM-PBSA/MM-GBSA)，预测两种N-取代吡咯衍生物与HIV-1 跨膜蛋白gp41疏水口袋的结合模式与作用机理．分子对接采用多种受体构象，并从结果中选取几种可能的结合模式进行MD 模拟，然后通过MM-PBSA计算结合能的方法识别最优的结合模式. MM-PBSA计算结果表明，范德华相互作用是结合的主要驱动力，而极性相互作用决定了配体在结合过程中的取向．进一步的结合能分解显示，配体的羧基与gp41残基Arg579的静电相互作用对结合有重要贡献．上述工作为进一步优化N-取代吡咯衍生物类的HIV-1融合抑制剂建立了良好的理论基础．

摘要:基于功能基因组信息、网络拓扑结构信息整合分析方法，利用基因表达谱数据和蛋白质互作数据挖掘动脉粥样硬化(AS)风险疾病基因，为从基因组层面研究动脉粥样硬化提供了新的视角．经过差异表达分析，支持向量机(SVM)的机器学习方法双重筛选，可以鉴别出可信度水平较高的风险疾病基因，对于研究动脉粥样硬化疾病基因在网络中的拓扑性质，建立基因与疾病发生发展过程的联系，提供了新的思路．得到了巨噬细胞样本中59个风险疾病基因，泡沫细胞中61个风险疾病基因．这些风险基因与已知疾病基因共享大部分动脉粥样硬化病变相关生物学过程及信号通路．并应用到对其他复杂疾病致病机理的研究中．