摘要:《生物化学与生物物理进展》(以下简称《进展》)创刊于1974年，作为记录科学成果的载体和促进科学交流的平台，它经历了中国科学研究从艰难起步到蓬勃发展的重要时期，是我国科学事业发展的见证者，也是其中重要的参与者．
经过40年的艰苦努力，《进展》得到了很大的发展：已初步被国际学术界认知，被SCI、CA、俄罗斯文摘等国际检索系统收录；2009年起全部论文注册DOI，每年均收到海外学者的直接投稿；同时，《进展》被国内生物学界广泛认可，拥有坚实的读者和作者基础，被国内各大检索系统收录，国内年被引频次超过1000次，每年收到来自全国近30个省(市，自治区)的数百篇来稿，退稿率常年超过80%．
《进展》栏目丰富，形式灵活，编辑出版全程数字化、网络化，刊物版式设计美观大方，编排规范，科学内涵具有前沿性和张弛度，科学内容既包括具有广泛和长期影响的基础学科(如生物化学，分子生物学，生物物理学，神经科学等)，也涵盖生命科学相关的新兴领域(如基因组学，蛋白质组学，系统生物学等)．其编辑、出版达到国际同类刊物水平，形成了严格规范的同行评议制度，拥有数量充足，学科覆盖全面的审稿专家队伍．
近年来，《进展》以专刊、专题为牵引，刊物的学术影响力和科学质量得到进一步提升．2011年以来组织专题、专刊10期次，对宣传和促进前沿学科领域发挥了重要作用．在《进展》创刊40周年之际出版的本期纪念专刊，其主体部分分为历史回顾和前沿评述2个板块，以期反映我国相关学科在与《进展》同行40年来的历史发展与现状．历史回顾板块以《进展》发展过程中涉及的几个主要学科方向为线索，邀请6位在基础生物物理学、基础生物化学、神经科学、结构生物学和膜生物学领域中富有威望，曾经为学科建设和发展做出重要贡献的科学家，撰写了关于学科发展和建设历史的回顾性评述文章．期望能够成为对这些学科发展历史片断的记录，帮助读者了解这些学科在我国开创、发展和繁荣的历史并体味蕴含其中的精神．前沿评述板块聚焦当前生命科学领域的前沿活跃领域，特别邀请10位活跃在科研一线、在有关领域取得卓越成果的科学家，以自身的研究经验和专业视野为基础撰写了评述论文，内容涉及非编码RNA研究、钙信号调控、分子病毒学、疾病相关基因组学、脑科学、结构生物学、表观遗传学、肿瘤免疫、致病菌与宿主相互作用等．每篇论文都对有关领域的最新进展、问题和挑战做出深入的阐述和分析．在此集萃成辑，出版于本期专刊，期望帮助读者了解这些当前生命科学中最活跃领域的研究现状并引发对生命科学未来的思考．
20世纪生命科学在揭示生命起源、遗传物质信息、生命过程的分子机制等方面取得了重大突破．当前，伴随着技术手段的飞跃和海量数据的出现，生命科学的研究手段和研究方法正在发生质的变化，研究的广度和深度也必将发展到前所未有的水平．未来，生命科学必将为揭示生命的本质、促进人类生命健康和社会进步作出更大的贡献．希望《进展》在此进程中，继续发挥好载体和平台作用，为我国乃至国际生命科学发展贡献力量，做好服务．

摘要:《生物化学与生物物理进展》(以下简称《进展》)由中国科学院生物物理研究所创办于1974年(后与中国生物物理学会合办)，迄今已届40周年．《进展》在“文革”尚未结束的特殊艰难时期诞生，随后与我国的社会变革和科学技术进步同行，在不断改革中发展，已经成为一份具备现代科技期刊的基本要素，被我国生物学界广为认知，并具有一定国际影响力的知名学术期刊．《进展》作为发表与记录科研成果的载体和传播科技知识的媒介，从创刊至今，刊物容量增加了近10倍，发表了来自全国近500多个单位的6381篇论文，见证了我国生物化学与生物物理学及其相关领域的发展，并在其中发挥了积极的作用．基于其优异的品质和影响，曾先后获得国家、业界和学界的多次奖励，被SCI等国际主流检索和引证系统收录，并入选2012，2013年中国最具国际影响力学术期刊(Top5%)．作为一份以中文为主体的学术刊物，实属不易．笔者作为《进展》多年的热心读者和编辑人员，在回顾《进展》的发展与进步历程中，获得良多感悟与教益，在此择其要者陈述于后，作为对《进展》40华诞的致礼与祝贺！
1　植根于学科领域奠基
《进展》在艰难环境条件下起步，在适应学科领域的需求中前行．从1974年到20世纪80年代中期，是刊物的基础建设时期．创刊之初，“文革”尚未结束，我国的科学技术凋零四处，百废待兴．在封闭10年之后，科技工作开始提上日程，酝酿重新启动，科研和教学人员渴求新的科学技术知识，渴望了解国际科学技术的状况．适应这样的背景，《进展》设置了“综述与专论”，“研究报告”和“技术与方法”三个栏目．编辑人员多次深入科研和教学单位，了解实际需要，着力加强了反映新领域新进展的综述和交流研究工作实验需求的新方法新技术．这为我国当时的有关研究起到了推动作用，也使《进展》从一开始就扎实地植根于我国的生物学领域，成为一份广受欢迎的生物学期刊．据调查，当时《进展》在一些图书馆中是被借阅频率最高和翻阅得最旧的刊物之一，一些大学老师将其作为讲课的重要参考资料，一些高校学生和研究人员将《进展》作为新知识新信息的来源．由此奠定了《进展》作为一份以中文为主体的学术期刊的坚实基础．
这一段经历显示，学术期刊重视植根于相关学科领域，紧密联系研究需求，是立足发展的基础．
2　与社会和科技进步同行
《进展》的发展初期面临着我国特殊的社会和科学文化状态．创刊之初，定位于“通报类”季刊．当时，“文革”结束，封闭近10年的国门开启，社会对科学和文化知识的需求急剧增长．适应这种形势，三年后(1977年)就及时改版为双月刊．到20世纪80年代中期，我国改革开放已成大局，科学技术已被视为推动经济发展的生产力，科研、教育展现出蓬勃发展的新局面．与此相适应，《进展》进入了随后10年的稳步发展时期．在此期间，刊物克服了由科技体制改革带来的经费和运营上的困难，增设了“微型述评”，“研究简报”，“经验交流”，“新技术讲座”，“学术争鸣”等栏目，以满足在科学技术活跃发展的背景中多方面需求．在保持刊物原有特点的基础上，形成了更完善的格局，刊物的总体水平得到显著提高，成为我国生物学领域中一份知名的学术刊物．
在此期间，《进展》被评为中国科学院优秀期刊(1990年，1996年)，并获国家优秀科技期刊一等奖(1996年)．同时，在1995年被国际主流检索和引证系统SCI收录至今，已成为SCI收录期刊生物学科领域中仅存的一份以中文为主体的刊物．显然，清醒认识社会发展态势，积极主动参与推进相关科学技术的进步，是学术刊物应尽之责和发展之道．
3　在不断改革中与时俱进
与世纪交替相平行，生命科学也迎来以人类基因组全序列测定为标志的崭新时代．与此同时，随着社会经济的持续高增长发展，我国的科学技术也进入了一个新时期．《进展》以较大力度的改革回应了新形势的新要求，迎来发展中的一个新阶段．自1998年以来，相继推出改版大16开，彩色封面(1999年)；控稿增幅，大力缩短发表周期，接受英文稿件(2000年)；改进综述内容，增加研究报告，提高刊物的原创性(2001年)；在此基础上推出新版，设封面论文，并在2004年改版月刊，开辟论文快速发表通道；同时建成基于网络的稿件管理信息系统，实现投稿-审稿-编辑-出版全程网络化和数字化．经过一系列改革，《进展》从形式到内容都呈现了崭新面貌，学术水平得到显著提高，刊物的影响力也得到明显提升，成为一份具有现代科技期刊基本要素的学术期刊．在这一期间，《进展》相继获得“国家期刊奖”提名奖(1999年)，国家期刊方阵双奖期刊，中国科学院优秀科技期刊特别奖(2000年)，中国科协优秀期刊奖(2002年)，2006～2007年连续2年获中国科协精品科技期刊工程B类项目资助，2012～2013年连续2年入选中国最具国际影响力学术期刊Top5%(中国知网(CNKI)评价数据)，《进展》已成为我国生命科学领域中广为认知并具有一定国际影响力的优秀期刊． 《进展》的发展历程清楚显示，紧密联系我国科学技术的发展，努力适应我国生命科学研究和教育的需求，在不断改革中与时俱进，是刊物进一步发展应该遵循的基本经验．
4　在良性循环轨道上争取更大发展
目前，《进展》的科学内容既包括具有广泛影响的基础学科，生物化学、分子生物学、生物物理学、神经科学，也涵盖生命科学的新兴领域，如基因组学、蛋白质组学、系统生物学、结构生物学等，科学内涵具有前沿性和张弛度．近年刊物每年收到来自主办单位之外的20多个省(市、区)的稿件，退稿率稳定在80%左右，显示出《进展》深厚的基础和广泛的代表性．《进展》发表常规论文的周期短，铜板、彩封，彩图随文排印，订数稳定，其编辑出版具有同类学术刊物的优质水准．刊物已建立网络信息平台，实现网络投稿、审稿及稿件管理自动化．《进展》在国际上被SCI等主流检索和引证系统收录多年，已为我国生物学界广为认知．同时，《进展》在稿源，发行量，自我支撑能力等方面都有较好的基础和状态．这些情况表明，作为已具备现代学术期刊基本要素的《进展》，具有很好的发展潜力．
尽管如此，与现代生物学主流刊物相较，《进展》的差距是十分显然的．如何在现有的基础上，建立良性循环的轨道，突出特点，不断进步，继续发展，是《进展》面临的严峻问题．由于刊物的SCI影响因子在国内各种科研单位和个人的评价体系中具有重要作用，加上其他因素的影响，使目前我国有较高学术水平的研究论文大都流向国际刊物和国内新兴的刊物，这对我国学术刊物的水平和影响力的提高造成相当大的困难．特别是，《进展》作为一份以中文为主的期刊，受到的制约因素就更多．在目前SCI收录刊物中，《进展》已是生物学科中仅有的中文期刊．由于英语至今仍是国际科学技术交流的主流语种，加上国内外科学论文发表的SCI影响因子导向，在这种情况下，显然不能也不应以影响因子作为《进展》的主要评价标准和发展方向．如何在四十年厚重历史的基础上进一步提高刊物的科学水平和影响力，已成为《进展》今后发展的主题，需要有新的思考，以及刊物主办单位的决策与指导．《进展》自身必须在坚实的积累与正确的沿革中，脚踏实地前进，采取各种措施，吸引优秀研究论文，提高研究报告的原创性水平，尽可能迅速、高效地反映国内外生物学相关领域的最新成果，全心全意服务于广大作者与读者．在此《进展》创刊40周年大庆之际，衷心祝愿并相信，在主办单位和广大作者和读者的支持下，在编辑部与编委会的共同努力下，《进展》将继续在不断改革中与时俱进，取得更大发展，达到新水平新境界．

摘要:《生物化学与生物物理进展》四十年

摘要:《生物化学与生物物理进展》创刊的40年中，特别是改革开放后，我国生物化学研究得到了巨大的进步，许多方面在国际生物化学界有了一席之地，有的曾处于国际领先地位．除本专刊有专文论述的酶学、生物膜、结构生物学外， 本文主要介绍：人工全合成酵母丙氨酸转移核糖核酸(tRNA^Ala)；乙肝病毒adr亚型的全基因组克隆和研究；人类、水稻和一些生物基因组研究；功能基因组研究及一些与疾病或水稻性状密切有关的基因的发现； 植物分子育种方法的创立；动植物与酵母的重要基因的表达调控研究取得的突出成绩；在RNA研究，包括tRNA、SnoRNA，核酶等方面新的突破；在多肽、蛋白质、蛋白质组、糖复合物等方面取得的成绩．

摘要:20世纪50年代上半叶，生物物理学作为一门新的独立学科应运而生．1958年，以中国科学院生物物理研究所的成立为主要标志，开始了我国生物物理学的发展历程．本文将介绍我国生物物理学科的奠基与前期发展，以及放射生物学、生物控制论、宇宙生物学和仿生学等交叉学科的建立过程．

摘要:1970年代初期，中国科学工作者测定了亚洲地区第一个蛋白质晶体结构——猪胰岛素三方二锌晶体结构，成为中国结构生物学历史发展的起点．进入新世纪，该学科领域已进入国际前沿，展现出快速发展态势，正在迎来发展新时期．本篇评述包含“历史发展”，“现代化实验设施建设”和“深入生命世界，走进国际前沿——近年代表性研究成果集萃”三个主题节段，以较全视野反映结构生物学研究在中国的发展历程．

摘要:生物膜研究是现代生物学研究的前沿方向之一，本文对文革结束以后生物膜研究在中国科学院生物物理研究所(下称生物物理所)的兴起与发展进行了系统回顾．文革结束后，中国科学院领导了解到国外生物膜研究迅速发展的情况，迅即派遣以生物物理所杨福愉为组长，包括生物化学研究所、动物研究所、植物研究所、上海实验生物研究所等六人的代表团前往联邦德国进行考察．考察结束后院领导根据多学科交叉对生物膜研究的重要作用，组织了生物物理所、植物所、中国医学科学院、北京医科大学等单位联合申报国家自然科学基金委员会重大项目“膜脂-膜蛋白的相互作用及其在医学和农业上的应用”，并获得立项．与此同时，院领导建议由中国生物物理学会、中国生化学会和中国细胞生物学会共同组织生物膜学术讨论会．首次会议于1979年3月在北京友谊宾馆举行，以后每3年召开1次，从未中断，有力地促进了生物膜研究的交流与发展．2003年举行的第200届香山会议专门组织讨论21世纪生物膜研究在中国的布局，进一步推动了生物膜研究的发展．本文还重点阐述了中国科学院生物物理研究所在生物膜研究方面所取得的代表性成果：a．金属离子通过膜脂-膜蛋白相互作用调控生物膜能量转换、物质运输及信号转导的分子机制；b．提出“克山病是一种心肌线粒体病”的重要观点；c．发现溶酶体内含有为量甚微、一般认为是消化酶的胰凝乳蛋白酶，并阐明了它通过溶酶体膜外泄后参与细胞凋亡的作用机制；d．确定了通过调控线粒体动态变化而干预肿瘤细胞迁移侵袭的新靶标．最后，特别值得一提的是，2004年，常文瑞与植物研究所匡廷云等在《自然》(Nature)发表了《菠菜中主要捕光色素复合体2.72 ?魡分辨率的晶体结构分析》的研究论文，2005年饶子和与徐建兴等在《细胞》(Cell)发表了《猪心线粒体呼吸链复合体Ⅱ的晶体结构》的研究论文，充分标志着我国生物膜研究已在国际上占据一席之地．2004年，徐涛研究员因其在囊泡转运方面的丰厚学术积淀，作为首席科学家组织一批生物膜专家承担了国内首个生物膜973项目，这标志着国内生物膜研究开始进入一个新的发展时期．

摘要:在中国科学院生物物理研究所，从仿生学到神经科学研究方向的确立，经历了几代人的艰辛努力．从1959年生物物理研究所三人理论组(仿生学研究室的前身)的成立，到2005年脑与认知科学国家重点实验室申报成功，走过了46年历程，本文拟对这段历史进行回顾和评述．

摘要:20世纪70年代以来，我国学者做出了许多出色的、有关酶学的基础研究工作. 在纪念《生物化学与生物物理进展》创刊40周年之际，作者选择性介绍了我国科学家在酶学领域所取得部分有代表性、系统性的研究成果．

摘要:长非编码RNA是指一类长度大于200个核苷酸、不编码蛋白质的非编码RNA．越来越多的研究表明，人类基因组中高达90%的非编码蛋白质的区段同样具有重要作用，而不是所谓的“转录噪声”．针对长非编码RNA的功能研究表明，其在转录起始的调控、转录及转录后的调控中均发挥着重要作用，因而影响着各种各样的生物学过程．本综述围绕近几年长非编码RNA 的研究成果，总结了长非编码RNA的起源与进化、新型的长非编码RNA类型、典型的长非编码RNA作用机制以及长非编码RNA在发育与细胞重编程过程中的研究，同时也概述了长非编码RNA与表观遗传调控和癌症的关系以及长非编码RNA研究的相关技术．系统发现长非编码RNA并阐明其功能机制，将对现代生命科学具有重大的意义．

摘要:钙离子是细胞内最重要的第二信使之一，对肿瘤细胞的发生发展起着重要的调控作用．无节制的增殖、降低的凋亡和高度的转移能力是肿瘤细胞的三大特征．细胞过度增殖需要胞浆钙升高，而逃避凋亡则需要较低的胞浆钙．在肿瘤发生发展过程中，早期过表达的胞膜钙通道倾向于调低，而内质网钙通道表达升高，并伴有通道定位的改变和新通道的形成．迁移细胞中的微区钙信号可决定细胞转移的方向．综上所述，钙信号可作为药物靶点，在肿瘤药物研发中具有一定的潜力．

摘要:在胚胎发育过程中，组织器官的形成依赖于干细胞在空间与时间上正确的定向分化、增殖，以及中间细胞的凋亡．这一细胞命运决定的过程必须被严格精确地调控，从而保证胚胎发育过程中组织器官形成得以顺利地进行．在此过程中，GATA转录因子家族扮演了不可或缺的角色，它们在胚层分化、造血系统和心脏形成、胸腺和肠道发育以及肿瘤发生中都起到了重要的作用．本文结合目前对GATA转录因子家族的研究和本课题组实验结果，介绍其在干细胞分化和维持，以及它们在细胞重编程中所起的作用．

摘要:自20世纪70年代以来，中国结构生物学研究日新月异，在多个生命科学领域取得了丰硕成果．近年来，在流感病毒研究领域，也做出了不少出色工作，包括流感病毒的跨种间传播机制和聚合酶复合物结构解析等．本文对国内外流感病毒蛋白的结构生物学进展做一简单总结，为大家提供一个视角，纵观我国病毒结构生物学的发展历程．

摘要:在很多“之歌”中，我非常喜欢《长江之歌》， 歌中唱道“你从远古走来，……你是无穷的源泉”．正值《生物化学与生物物理进展》创刊40周年的日子，我愿意唱一首心中的歌——“脑之歌”．人类大脑就好比是一条历史长河， 它从远古流到了今天，又将从今天流向未来，是自然通过漫长进化所产生的最精细、最复杂、最优美和最成功的器官，是智力演化的最伟大奇迹，是人类智力产生的源泉，是人类灵性的家园．人脑以其非凡的能力造就了人类知识和文明的社会传承．可是到如今，我们还不知道人脑在整体上是如何工作的．脑功能神经组学或许是破解脑的奥秘的钥匙．

摘要:肿瘤是基因-环境交互作用引起的复杂性疾病．在同样的环境暴露下，不同遗传背景的个体发生肿瘤的风险有很大差异．研究肿瘤相关遗传因素对理解肿瘤发生发展乃至诊断治疗都有重要意义．近年来发展的全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)可在全基因组范围内发现与复杂疾病或表型关联的遗传因素，为复杂疾病遗传学研究提供了强有力的手段．欧美研究者运用全基因组关联研究的方法，对各种常见肿瘤进行了研究，获得了重要成果．2010年以来，中国科学家在国际核心期刊发表了一系列高水平的肿瘤全基因组关联研究成果，在中国常见肿瘤的遗传病因学研究方面取得了重要进展．

摘要:病原菌效应蛋白破坏宿主细胞的正常信号转导是病原菌和宿主相互作用的重要体现．效应蛋白往往具有独特的生化活性，针对宿主细胞内与抗细菌感染相关的重要通路进行阻断．近年来，在病原菌效应蛋白作用机制的研究中，人们发现了几种由效应蛋白介导的全新的蛋白质翻译后修饰．OspF(outer Shigella protein F)效应蛋白家族具有磷酸化苏氨酸裂合酶活性，通过“消去”修饰和失活宿主MAPK激酶．NleE(non-LEE encoded effector E)效应蛋白则通过半胱氨酸甲基化修饰来抑制感染诱导NF-κB炎症通路的激活．NleB(non-LEE encoded effector B)蛋白抑制宿主的死亡信号通路，则依赖于其N-乙酰葡萄糖胺转移酶活性介导的对死亡结构域蛋白的精氨酸糖基化修饰．而VopS(Vibrio outer protein S)和IbpA(Immunoglobulin-binding protein A)等含有Fic结构域的蛋白，则可以将AMP基团转移到Rho家族小G蛋白的保守苏氨酸或酪氨酸上，导致小G蛋白的失活和肌动蛋白细胞骨架的紊乱，从而引起细胞毒性．以上效应蛋白作用机制及生化活性的阐明，有助于全方位了解病原菌的致病毒力机制，也开辟了蛋白质翻译后修饰介导病原-宿主相互作用研究的新方向，同时对真核生物的信号转导研究也具有重要指导意义．

摘要:多细胞生物的细胞凋亡(apoptosis)和炎症反应(inflammation)分别在内稳态维持和对抗外源微生物入侵的过程中具有重要作用．凋亡小体和炎症小体则是调节这两种生物学过程的关键复合物．凋亡小体和炎症小体的功能都是作为caspase的激活平台，但是前者激活caspase-9，而后者则是激活炎症性caspase-1．本文综述近年来关于这两类复合体激活机制的研究进展．

摘要:DNA胞嘧啶5-甲基化修饰是表观遗传重要的修饰之一，其对基因表达的调控依赖下游的识别蛋白识别和传递甲基化信号．本文围绕两种主要的甲基化DNA识别结构域——MBD结构域和SRA结构域，综述了它们识别不同修饰形式DNA的结构基础以及发挥功能的分子机理．

摘要:肿瘤细胞和免疫细胞间的相互作用一直是肿瘤生物学关注的热点．流行病学与临床研究均表明，炎症反应与肿瘤的发生发展存在密切关联，但是其中的分子作用机理和遗传学机制尚未完全阐明．研究显示，T淋巴细胞、巨噬细胞、树突状细胞、巨大细胞等多种免疫细胞会浸润到肿瘤微环境中，协同调控肿瘤生长、免疫逃逸和侵袭转移．本文就近年对肿瘤微环境中免疫细胞功能研究的进展进行综述．正确认识这些免疫细胞在肿瘤发生发展中的作用，对于发展更优的肿瘤免疫治疗手段具有十分重要意义．