摘要:真核细胞内多种无膜及有膜细胞器为各种生物学过程的发生提供场所.被膜细胞器通过它们之间的膜接触位点所进行的信息交流和物质交换是维持生命活动所必需的. 绘制活细胞中细胞器或膜接触位点等处的蛋白质组图谱，将有助于解析这些部位的生物学功能及作用机制，并为研究细胞器相互作用提供基础. 但由于无膜细胞器或膜接触位点很难分离纯化，传统的生化方法难以系统解析其中的蛋白质组. 最近报道的几种基于酶类的蛋白质邻近标记技术，则为系统分析上述空间受限的蛋白质组这一难题提供了有效的解决方案. 通过将能催化产生活性自由基（最常见的是生物素及其衍生物的自由基）的酶连接到目标蛋白上，可对其邻近的蛋白质组进行共价标记，从而使后者的分离和鉴定成为可能，并可以运用于活细胞中的动态标记. 我们在此综述了几种最新的邻近标记策略的原理及应用，并对它们的优势与局限性进行了比较，以期为细胞器互作的蛋白质组学研究提供参考.

摘要:肿瘤干细胞是肿瘤组织中一小群特殊的未分化的细胞，由于其对化疗药耐受及致瘤潜能，被认为是造成肿瘤发生、复发和转移的根源，所以深入了解肿瘤干细胞特性对提高肿瘤治疗效率有着重要临床意义. 肿瘤微环境中的免疫细胞及其分泌的分子与肿瘤干细胞之间存在复杂的相互作用，可以维持肿瘤干细胞的干性及自我更新能力. 目前，肿瘤免疫微环境对肿瘤干细胞的影响、肿瘤干细胞对免疫微环境的塑造作用以及靶向肿瘤干细胞或免疫微环境等研究，是肿瘤干细胞研究领域的热点问题. 本文就免疫微环境对肿瘤干细胞的影响、靶向肿瘤干细胞及微环境治疗的研究进展进行了综述.

摘要:肿瘤是严重危害人类健康的疾病. 研究表明，实体瘤周围环境中的胞外基质蛋白、浸润性免疫细胞和间充质细胞分泌的蛋白质组等均与肿瘤的发生、发展以及肿瘤治疗的耐受性等密切相关.肿瘤微环境中一个重要调控因子，纤溶酶原激活物抑制剂1（plasminogen activator inhibitor-1,PAI-1），不仅与组织型纤溶酶原激活物（tissue-type plasminogen activators,tPA）构成调节纤溶活性的一对关键物质，而且参与肿瘤的侵袭、浸润和转移等多个环节并扮演重要角色. 本文针对近年来PAI-1的结构和功能方面研究新进展及其与肿瘤微环境的相关性进行综述，并提出PAI-1可作为抗肿瘤治疗的重要靶点. 同时，本文也分析了PAI-1抑制剂对肿瘤干预的研究现状，指出PAI-1抑制剂对肿瘤治疗的潜在应用价值.

摘要:长链非编码RNA（long noncoding RNA, lncRNA）是多种复杂有机体转录组中最主要的一类转录本. lncRNA在各种生物之间序列保守性差、表达量普遍比较低. 与编码基因相比，lncRNA有相似的启动子区域以及剪切位点，具有较好的细胞和组织特异性分布，尤其在神经系统中具有较为丰富的表达，提示它们在神经系统中具有不可忽视的作用. 本文围绕近几年lncRNA在神经系统方面的最新研究成果，总结了lncRNA对中枢和外周神经系统发育以及对神经系统功能等方面的调控作用及机制. 同时展望了有关lncRNA研究的新理念和新技术及对未来神经科学研究的推动作用.

摘要:甲基化异常是肿瘤早期的频发事件，DNA甲基化随着时间的推移相对稳定，并且可以在血液中非侵入性地检测到，因此DNA甲基化具有成为癌症早期诊断生物标志物的巨大潜力. 为了找到肺鳞状细胞癌（LUSC）潜在的诊断标志物，本文提出了一种LUSC特异性候选诊断标志物的识别方法，使用癌症基因组图谱数据库（TCGA）的LUSC的甲基化数据集，通过比较LUSC与正常肺组织和其他癌症类型，得到了6个LUSC特异性甲基化位点，使用支持向量机建立诊断模型，采用六折交叉划分数据集，验证特异性标志物的有效性. 6个标志物的组合在预测LUSC方面达到约93%~99%的灵敏度，在排除正常组织时达到100%的特异性，在排除其他癌症时达到约99％的特异性. 我们的研究为LUSC的早期诊断提供了潜在的生物标志物.

摘要:中心体是大部分动物细胞的微管组织中心，它确保了有序的细胞周期进程以及染色体的精确分离，我们之前报道了中心体蛋白Centlein作为一个分子连接，与C-Nap1和Cep68一起形成复合物维持中心体的连接. 然而，关于Centlein的其他功能我们还知之甚少. 在本研究中，建立了Centlein的敲除细胞系，并且运用RNA-seq技术分析了敲除细胞系和正常野生型细胞系之间转录水平的差异. 发现Centlein敲除细胞系中细胞周期相关基因PLK1、CCNB1、CCNA2和CDC20的表达量上调，流式结果又表明Centlein的敲除促进了细胞周期进程. 同时发现Centlein与PLK1之间存在细胞内相互作用，于是我们提出了Centlein通过与PLK1的作用参与细胞周期进程.

摘要:4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮(2-吡喃酮)及其衍生物是一类重要的植物次生代谢产物，具有抗虫、抗真菌等功能，在工业上可用于生产可再生化学平台间苯三酚和1,3,5-三氨基-2,4,6-三硝基苯. 2-吡喃酮合酶（2PS），一种Ⅲ型聚酮合酶（PKSs），是合成2-吡喃酮的关键酶. 本研究以中药材虎杖（Polygonum cuspidatum Sieb. et Zucc）为材料，从中分离鉴定了一种新的2-吡喃酮合酶（Pc2PS）. Pc2PS与已知的几种2PSs的氨基酸序列相似性为54%~56%. 通过体外酶促反应鉴定功能发现，Pc2PS可以催化1分子乙酰-CoA与2分子丙二酰-CoA，缩合生成4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮；也可以只利用3分子丙二酰-CoA，以相同的效率缩合生成2-吡喃酮. 由此可以看出，乙酰-CoA存在与否并不影响该酶的催化效率. 随后，我们测定了Pc2PS以丙二酰-CoA为单一底物时的酶动力学参数. 虽然之前报道的2PSs也可以只利用丙二酰-CoA生成2-吡喃酮，但与Pc2PS不同的是，乙酰-CoA的缺失会大大降低催化效率. 另外，对Pc2PS基因的组织表达特异性检测结果表明，该基因主要在虎杖根中表达，在叶中的表达量很低. 本研究丰富了2PS的种类，并为2-吡喃酮的生物合成提供了基因资源.

摘要:肿瘤新抗原是免疫治疗的重要靶点，但基因组数据产生的候选新抗原数量庞大，预测假阳性肽段过多，实验验证费时费力，影响肿瘤新抗原的临床应用. 本研究以乳腺癌为例，使用比转录组水平筛选更严格、比细胞学实验更省时的蛋白质基因组学方法来预测和筛选新抗原. 研究发现，C2(IFN-γ dominant)免疫表型的新抗原数量最多. C2免疫表型显示出最高的M1/M2巨噬细胞极化，较强的CD8信号和最大的T细胞受体多样性，这可能导致产生更多具有良好免疫原性的新抗原. 另外，我们还观察到乳腺癌肿瘤突变负荷与新抗原数目之间呈正相关. 通过同批样本的质谱数据进一步筛选发现，可将两万级别的预测新抗原肽候选降至几十条表达肽段，进而可分析其对应的特异或广谱突变基因. 最后，我们进一步分析了新抗原的免疫原性，即被T细胞受体识别的可能性. 本文利用蛋白质组学数据对基因组数据计算预测得到的候选新抗原进一步筛选，提高了新抗原预测准确性，大大缩小后续实验验证范围. 该流程可为肿瘤新抗原预测与筛选研究提供参考.

摘要:无限制克隆（restriction-free cloning，RFC）是近年来建立起来的一种简单通用的DNA克隆技术，它可以精确地将目的片段插入到质粒内任意位置，是一种不受酶切位点、连接酶效率、目的基因长度或载体序列等条件限制的新型DNA重组技术．与其他多种克隆方法相比，RFC技术拥有不可替代的优势．本文在总结国内外RFC技术研究的基础上，系统阐述了RFC技术的原理、特点和在克隆方面的研究进展，并探讨其在分子生物学和合成生物学等领域的应用价值．