2020, 47(7):561-573. DOI: 10.16476/j.pibb.2019.0209
摘要:程序性细胞死亡对于机体的生长发育及组织器官的稳态具有重要作用。坏死性凋亡是最近发现的一种可调控的程序性细胞死亡方式,其在形态学上具有坏死的特征。目前的研究表明,坏死性凋亡是由Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 (RIPK3)以及其底物Mixed lineage kinase domain-like protein (MLKL) 共同介导。细胞的增殖和死亡在维持机体内环境稳态中发挥重要作用,大量研究表明坏死性凋亡的失调和人类疾病的发展密切相关,比如炎症性疾病,自身免疫性疾病,肿瘤以及退行性病变。在这篇综述中,我们将讨论坏死性凋亡的分子机制及其相关疾病的研究进展。
2020, 47(7):574-581. DOI: 10.16476/j.pibb.2020.0039
摘要:心血管疾病中动脉粥样硬化斑块的钙化是动脉粥样硬化的临床标志之一,主要发生在动脉血管的内膜。动脉粥样硬化斑块核心的钙化不会增加斑块的易损性,而粥样斑块纤维帽上的微钙化会加强纤维帽的周向应力,致使斑块的易损性增加。动脉粥样硬化斑块的钙化机制包括被动钙化和主动钙化,被动钙化受激素和局部信号的调节,主动钙化机制涉及复杂的细胞生命过程,基质囊泡、细胞凋亡、外泌体、氧化应激反应和细胞自噬等均参与了钙化过程。本文对动脉粥样硬化斑块的钙化机制的进展进行综述。
2020, 47(7):582-594. DOI: 10.16476/j.pibb.2020.0057
摘要:跨膜转录因子Nrf1是CNC-bZIP家族中的重要成员,在维持细胞内氧化还原平衡、蛋白质稳态、内质网与线粒体稳定等功能中具有重要作用. 在小鼠不同的组织器官中敲除Nrf1后会导致多种疾病,如非酒精性脂肪肝、神经退行性疾病、糖尿病等. 近几年来,随着多种动物模型的运用及临床上的发现,Nrf1的新功能逐渐被揭示,尤其是参与棕色脂肪组织生热适应(冷适应)、胆固醇代谢、糖代谢、内质网应激以及先天性去糖基化疾病发生等过程. 因此,为更好地理解Nrf1的作用,本文对其生物学功能进行简要综述.
2020, 47(7):607-625. DOI: 10.16476/j.pibb.2020.0059
摘要:肠道菌群是人体重要的代谢“器官”,对人体的健康和疾病起着至关重要的作用.肠道菌群参与人体消化、免疫、神经系统调节机能的分子机理是特异性物质代谢通路在微生物与人体之间的协同耦合.酶是代谢通路中参与物质转化的基本功能单元,深入理解肠道菌群编码酶的分子催化机理将为以肠道菌群(或肠道酶)作为靶点的精准营养/医疗干预研究提供重要理论依据.特异性底物酶解研究表明,肠道菌群编码的酶系统不仅包含全部已知的碳水化合物活性酶(Carbohydrate-active enzymes, CAZYmes)类,同时蕴含诸多潜在的新型CAZYmes.本文阐述了CAZYmes的分类原则及催化机理,并主要从结构生物学方面综述了人体肠道菌群来源的新型CAZYmes.
裴青 , 林寅 , 荣伊 , 刘孟雪 , 吴世平 , 阳小飞
2020, 47(7):626-633. DOI: 10.16476/j.pibb.2019.0288
摘要:Syntaxin-1是一种多结构域蛋白,通过与synaptobrevin-2和SNAP-25形成SNARE复合体调节囊泡融合。然而,syntaxin-1在突触形成过程中是否发挥作用,目前尚不清楚。我们的研究表明了syntaxin-1的表达水平与突触形成过程高度相关。Syntaxin-1的R151A和I155A突变影响其在突触形成中的促进作用,而Habc结构域或跨膜结构域在突触形成中无显著作用。我们的结果表明,syntaxin-1通过激活突触囊泡释放来加速突触的形成。
2020, 47(7):634-644. DOI: 10.16476/j.pibb.2020.0004
摘要:本文对来自PDB(Protein Data Bank)数据库的蛋白质-RNA复合物结构构建了非冗余非核糖体数据库(694个结构),并对此数据库统计了蛋白质和RNA序列及二级结构的界面偏好性.结果发现蛋白质β折叠、310-helix和RNA未配对核苷酸,尤其是未配对中空间排列不规整的核苷酸具有显著的界面偏好性.据此,我们对二级结构进行归类,建立了考虑序列和二级结构信息的60×12氨基酸-核苷酸成对偏好势,并将其作为打分函数用于蛋白质-RNA对接中近天然结构的筛选.结果表明该60×12统计势的打分成功率为65.77%,优于考虑蛋白质或RNA二级结构信息的统计势,及我们小组之前在251个结构上构建的60×8*统计势.该工作有助于加深对蛋白质-RNA特异性识别的理解,可推动复合物结构预测的进展.
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